本篇以中科院仇子龙老师课题组和九院姜虹老师、张磊老师合作发表的snRNA-seq文献为例,走进单细胞核测序研究
2021 年 1 月,上海长海医院任善成教授与加拿大多伦多大学 Housheng Hansen He 教授、复旦大学附属肿瘤医院王建华教授合作在 Nature Cell Biology 杂志发表了题为「Single-cell analysis reveals transcriptomic remodellings in distinct cell types that contribute to human prostate cancer progression」论文。烈冰生物参与了单细胞测序中样本设计
拟时序分析,即根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况,构建细胞谱系发育,但这里的时间并不是真时间,而是一个虚拟的时间,是指的细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。
通过标准化将数据过滤后通过PCA降维,并形成t-SNE可视化结果;降维后的矩阵进行细胞聚类分析,并计算出各类群的marker基因及表达量,以鉴定所属的细胞类型。
在高通量测序领域,流传着一句话,叫做“Junk in, junk out.”,这就意味着要一个好的数据分析结果,就需要对前期的操作都进行严格的把关,包括样本的制备、测序以及数据的前期处理等。
8012了,高通量测序早已非常普遍,走在生命科学前沿的研究者们几乎都在谈论Single-Cell Sequencing对于整个生命科学研究的意义以及价值。