烈冰NovelCyto VS 10X GEM-X 之小鼠肺组织,烈冰国产微孔法与进口10X微流控的巅峰对决!

目前，在单细胞测序的研究中，主流的单细胞测序平台主要分为微流控法和微孔法两大技术路径。微流控法（如10x Genomics）凭借其成熟稳定的体系，长期被视为行业“金标准”，尤其在数据质量上表现优异；而微孔法（如进口BD Rhapsody、国产NovelCyto系列）则凭借无偏捕获(粒细胞也能稳定捕获），悬液浓度要求低、悬液碎片杂质包容度高的特点在研究中展现出其独特优势。然而，面对不同的样本类型，两种方法在基因检测数、细胞类型及占比、批次稳定性、实验成功率上的差异，始终是科研用户选择平台时的核心考量。

在此背景下，烈冰生物自研的微孔法平台NovelCyto V2震撼发布。其更高的Median Genes、Total Genes和Median UMI Counts per Cell广受好评，通过三段法转二段法的磁珠升级、后续化学条件迭代及自动化流程全覆盖，为众多新老客户带来更优的测序体验。大家在认可之余仍存疑问：NovelCyto V2能否与经典的10x Genomics数据相媲美？ 针对不同样本类型，两者结果又该如何科学比较？

图1  Novelcyto V1 vs V2磁珠体系升级：三段法优化为二段法

图2  Novelcyto V2自动化流程全覆盖

今天起，烈小冰将为大家带来NovelCyto V2在多组织、跨平台比较中的详细结果，一探究竟。

让我们先从肺组织的平台对比情况看起。

Step1：实验过程与细胞质控

首先，取同一份小鼠肺组织样本进行消化解离、质控（细胞活性：93.6%，细胞总数：600万），随后取2份同等细胞数量的悬液，分别在NovelCyto V2平台和10x Genomics（采用10x 3' V4试剂盒）平台开展上机实验。

Step2：细胞统计与分析质控

为保证两平台的技术指标一致，烈小冰采用Starsolo算法对NovelCyto的数据进行统计，该算法能得到和cellranger几乎完全一致的结果，随后与Cellranger计算得到的10x的结果进行比较。

烈小冰惊喜地发现，在相同肺组织样本、同等上样细胞量的头对头对比中，国产自研微孔法平台NovelCyto V2（NC_V2），Validated Barcode只比头对头的10x 最新V4版本的试剂盒结果低3.28%，Fraction Reads In Cell也只差5.37%，这表明NovelCyto V2与10x产品品质非常接近。

细胞捕获领先2.66个百分点，最终多捕获665个细胞（+4.6%），作为微孔法系统，与最具代表性的微流控技术10x相比，已经相差无几。

烈冰NovelcCyto V2版本的Median gene数量为2030，只比头对头的10x V4版本的试剂盒结果低4.8%，转录本UMI数量也只差5.4%，于此同时饱和度只相差0.9%，这些数据意味NovelCyto V2作为国产微孔法技术的领航者，已经彻底追上了10x微流控体系的脚步！

Step3：细胞类型与表达特征

不过，参数只是参数，要回答是否真的追上了10x的脚步，还需要看细胞类型的一致性这一关键指标，烈小冰不仅要看比例，还要看基因表达的情况。

首先，我们观察大类细胞的捕获情况，在肺组织细胞类型覆盖全面完整的前提下，绝大部分细胞的捕获比例在两个平台间惊人地一致——无论是髓系、淋巴系还是间质，细胞的捕获比例都非常接近，在UMAP分组展示上，两个平台完全匹配重合。这是真正地实现了在微孔法体系下，NovelCyto V2致敬经典，追上10x脚步的目标。

进一步细分巨噬细胞和TNK细胞后，所有细胞类型的比例在两个平台之间依然高度一致和吻合。

烈小冰深入比较了不同细胞类型中两个平台（10x 和 NovelCyto V2）的基因数和转录本检出情况。结果显示，淋巴系（T，NK，B细胞）和单核细胞转录本检出相差仿佛，但基因数方面10x平台占优。而肺泡巨噬细胞，成纤维细胞的转录本和基因表达，烈冰NovelCyto V2更具优势。上皮细胞虽然在转录本检出10x占优，但是基因检出差异不显著。

这说明NovelCyto微孔法对于驻留细胞更友好，这与微孔法自身优势抗碎片能力强，剪切力小，对敏感细胞捕获优势的特征非常契合。

结语

随着NovelCyto从V1升级至V2版本，我们致敬经典，方能进化不息，烈小冰致力为用户提供更优质的单细胞和空间多组学产品，为每一位烈冰用户带来更优越，更高效，更高性价比的研究体验。