微孔法单细胞ATAC实测数据发布!稳定捕获脆弱细胞类型!

试剂到货的第一周，我们完成了BD单细胞ATAC产品的两轮关键验证：

验证一、单个样本独立上机，考察基础数据质量

验证二、三个样本用Sample Tag标记后混合上机，对比考察多样本兼容性和拆分效果

从质控指标到细胞聚类和细胞类型定义，单一样本与混合样本均表现稳定。接下来将完整呈现测试结果，为有意向使用BD ATAC的研究者提供参考。

一、实验设计

将取到的小鼠胃癌样本分为4份，分别进行细胞核提取得到核悬液——test、P1（pool-1）、P2（pool-2)、P3（pool-3)，将P1、P2、P3用样本标签标记好后混合成一个样本P，与样本test同步上机捕获。

上机捕获后，可以清晰地看到细胞核地落孔情况（上图篮圈标记）。接着完成后续建库以及上机测序实验。

二、数据展示

测序下机后,我们接下来将两组数据进行质控,来看下测序数据质量。

左侧为单一样本(test)数据,右侧为三混一样本(P)数据,可以看到两个样本数据质量俱佳,且细胞reads数,每个细胞的fragment数,TSS富集度等参数高度接近。

单一样本和混合样本均获得了高质量的数据结果。

将混合样本通过算法识别样本标签后重新拆分为三个样本--P1(pool-1)、P2(pool-2)、P3(pool-3),对比混样后三个样本的质控结果情况。

质控结果图显示,三个混样的质控结果分布拟合度高,说明三个样本数据均一性好,混样测序并未对样本的数据质量造成显著影响。

三、细胞类型展示

下面对拆分后混合样本P1(pool-1)、P2(pool-2)、P3(pool-3)与单一样本test都进行进行细胞聚类分析:

将umap聚类结果进一步进行叠放比对,可以看到四个样本的聚类结果也高度一致,说明样本混合后进行测序对样本的细胞类型也未产生显著影响。

接着对整体细胞聚类结果进行细胞定义,我们来看下此次测序的细胞类型占比情况:

细胞类型鉴定分为12个细胞类型:T细胞(11.21%)、NK细胞(0.41%)、B细胞(13.94%)、浆细胞(1.05%)、单核细胞(16.49%)、中性粒细胞(24.73%)、嗜酸性粒细胞(5.84%)、肥大细胞(0.97%)、上皮细胞(12.01%)、成纤维细胞(5.03%)、内皮细胞(5.56%)、平滑肌细胞(1.45%)、间皮细胞(1.31%),细胞类型全面。

需要特别注意的是,此次实验检测到了中性粒细胞(Neutrophil)以及嗜酸性粒细胞(Eosinophil),这两种细胞具有极其脆弱的特性,在用传统的微流控平台时不易捕获到,而BD微孔板重力沉降技术的温和捕获，让这类关键免疫细胞的表观分析成为可能,相信将助力各位研究者发表更多“Science级”研究!

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