烈冰NovelCyto VS 10X GEM-X 之小鼠肝组织,烈冰国产微孔法与进口10X微流控的巅峰对决!

针对《NovelCyto VS 10X GEM-X的头对头测试》专题，烈小冰继前两期（肺组织、胰腺组织）之后，本期为大家带来肝组织样本的头对头对比分析结果，接下来让烈小冰带读者一探究竟。

Step1：实验过程与细胞质控

首先，取同一份小鼠肝组织样本进行剪碎消化解离过滤后，分别质控（细胞活性96.1%，细胞总数250万），随后取2份同等细胞数量的悬液，分别在NovelCyto V2平台和10x Genomics（10x 3' V4试剂盒）平台开展上机实验。

Step2：细胞统计与分析质控

为保证两平台的技术指标一致，烈小冰采用STARsolo算法对NovelCyto V2的数据进行统计，该算法能得到和Cell Ranger几乎完全一致的结果，随后与Cell Ranger计算得到的10X的结果进行比较。

单细胞检出水平方面，NovelCyto V2中位基因数为2165，较10X GEM-X（2285）低5.25%；平均Reads per Cell为24936，较10X GEM-X（32912）低24.23%。综合来看，NovelCyto V2作为国产微孔法技术的代表，在核心指标上已接近10X GEM-X微流控体系。

Step3：细胞类型与表达特征

测序质控参数能够反映数据的基本质量，但无法回答平台间是否具有生物学可比性。细胞类型组成的一致性才是衡量平台可比性的核心标准，我们将从细胞比例与基因表达双维度进行验证。

先探讨细胞类型：12种细胞类型两个平台全覆盖，UMAP上分群高度重合。

再研究细胞类型结构分布：NovelCyto V2捕获到的肝实质细胞是10X GEM-X的3.5倍（1850 VS 527）— 这是因为肝细胞对剪切力敏感，而微孔法重力沉降的原理，则能温和的捕获肝实质细胞。10X GEM-X这边，LSECs（46.84% VS 41.30%）和B细胞（16.23% VS 14.20%）的相对占比更高。

最后总结一句，10X GEM-X在LSEC和B细胞的比例上领先，NovelCyto V2在全部12种细胞类型上均表现出近似的检测能力。

关注肝实质，NovelCyto V2的捕获效率更实在；关注免疫细胞比例，10X GEM-X有自身特点。

完成了细胞类型的初步鉴定和整体比较后，烈小冰进一步对TNK细胞、髓系细胞进行细分，看看两个平台在更精细的细胞分辨率上表现如何。

8个淋巴亚群两个平台全覆盖，UMAP分群一一对应，比例上各有侧重。

前面我们验证了两个平台在细胞类型组成上的可比性。但每个细胞到底能测出多少基因、多少转录本，才是决定数据质量的关键。下面进入每细胞检出深度的比较。

每个细胞检出深度大比拼：免疫细胞看10X GEM-X，驻留细胞看NovelCyto V2。

淋巴系和浸润髓系，10X GEM-X更胜一筹。T细胞、T_NK、B细胞、浆细胞、浸润单核细胞、中性粒细胞、cDC、pDC——整整8类细胞的基因数和转录本数均为10X GEM-X更高，且差异全部达到显著水平。其中浆细胞差距最大，10X GEM-X的基因数高出约35%、转录本高出约75%；pDC和cDC紧随其后，转录本检出分别高出约58%和50%。

肝脏驻留细胞，NovelCyto V2强势翻盘。Kupffer细胞的基因数和转录本数分别高出约31%和50%，是所有细胞类型中NovelCyto V2领先幅度最大的；LSECs（肝窦内皮细胞）同样为NovelCyto V2更高，基因数高约5%、转录本高约14%。这两类细胞都是肝脏固有驻留细胞，对剪切力敏感，微孔法对这类细胞更友好。

结语

经典值得铭记，进化永不止步。NovelCyto V2的每一组数据，都是烈小冰写给科研人的情书。选择我们，不只是选择一款产品，而是选择一位陪您死磕到底的战友。下一站，更高处见！

进化不息，未来可期！