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【烈冰助力CCR第二弹】单细胞测序揭示人类高级别浆液性卵巢癌的组织结构 时间:2022-07-20

高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)约占卵巢癌(OC)总死亡人数的80%。由于临床症状不明显,只有20%HGSOC可以在早期阶段成功治疗。大多数HGSOC晚期患者预后不佳,总体5年生存率仅为31%。目前尚缺乏有效的治疗HGSOC的临床策略。


针对上述问题,烈冰合作用户-浙江大学许君芬老师团队近期在Clinical Cancer ResearchIF=13.801)上发表了题为Single-cell RNA sequencing reveals the tissue architecture in human high-grade serous ovarian cancer 的研究成果,该研究通过在scRNA-seq 解析了HGSOC的肿瘤微环境,揭示多种与不良预后相关的基因和CAFEMT作用,并发现TIGIT可作为HGSOC免疫治疗的潜在靶点。

发表日期:2022年6

发表期刊:Clinical Cancer Research

影响因子:13.801

烈冰生物全面参与了本研究中的单细胞测序实验和数据分析工作,一起来看看经典单细胞文章的研究思路和过程解析吧~

实验设计

实验分组7HGSOC治疗前样本(HGSOC),5例非恶性卵巢样本(NO)分别捕获33264个细胞和26060个细胞

单细胞捕获平台:烈冰生物10X Genomics平台

生信分析平台:NovelBrain®生信分析云平台

单细胞数据分析工具:细胞聚类分析,subCluster分析,拟时序分析,Marker gene 鉴定,Pathway分析,细胞通讯分析等

主要技术手段:单细胞测序,免疫荧光,免疫组化,细胞共培养

结果解析

基于烈冰生物提供的单细胞实验和数据分析平台和多年单细胞经验积累的marker gene数据集,研究者对59324个细胞进行了分群后的细胞类型鉴定:包括T细胞,上皮细胞和成纤维细胞等9大类,发现NO组织中存在更多成纤维细胞,而肿瘤组织中存在更多T细胞和上皮细胞,而肿瘤上皮细胞中与铁死亡有关的基因富集。与临床分期关联发现,随着癌症病程进展T细胞数量逐渐减少,免疫组化也证实CD3+免疫细胞的比例从肿瘤早期到晚期也逐渐降低。

14636个肿瘤上皮细胞被进一步细分为12个类群,其中8192个细胞来自HGSOC6444个细胞来自NO组织。进一步,研究团队应用CytoTRACE预测了肿瘤上皮细胞分化能力,并采用monocle2算法进行了拟时序分析以及分支表达模式分析(Branch Expression Analysis Modeling):Cluster1细胞与PI3K-AKT, FocalAdhesion等通路相关并表达某些和EMT相关的基因(IGF2WNT7A等),这表明肿瘤上皮细胞的演化过程可能有上皮间充质转化(EMT)过程的参与。

而在肿瘤不同时期,EMT和基因表达量也存在一定的相关性,与非恶性细胞相比,HGSOC细胞中存在38EMT的差异表达基因,进一步结合TCGAGEO和卵巢癌数据库联合预后分析显示,四种基因(NOTCH1SNAI2WNT11TGFBR1)与不良预后显著相关。免疫荧光发现VIM基因高表达的细胞存在很强的EMT能力。