【Xenium第二弹】原位空间组学平台首次运行,顺利完成FFPE样本APT测试!
            时间:2023-10-10
        
        
        
        	好消息 
	
Xenium分析仪正式运行啦 
	Xenium是以亚细胞分辨率(0.2μm)对基因和蛋白质进行靶向空间组学研究的平台,
	相较 Visium 空间转录组拥有更高的检测精度,
	将会对我们理解肿瘤微环境、免疫、神经科学、细胞特异性、生物发育等方面产生深远的影响,带来一次全新的改变。
	小编告诉你: 
	此次Xenium APT(Assay Performance Test)性能测试,除了FFPE样本和基因表达Panel不同,其它步骤都与正式实验时相同! 
	
 
 
	
 
 
	主要试剂耗材:基因表达Panel/载玻片/Decoding试剂/buffer/探针等 
	 
	Part 1 
	样本准备 
	
	
 
 
	Xenium分析仪每次运行最多可上样两张载玻片,每张载玻片的可成像区域约为12x24 mm2(内圈可贴片区域10.45*22.45mm2) 
	
 
 
	首先,对FFPE样本进行脱蜡、解交联处理;随后,在PCR仪中进行探针杂交,链接、滚环扩增的实验步骤;最后,进行自发荧光淬灭和DAPI染色。 
	 
 
	
 实验室人员认真准备中&10x 现场应用工程师提供详细的指导~ 
	
 
	
		Part 2 
	
	
		机载分析 
	
	
		 
 
	
	
		机载分析的第一步:将光学特征解码为转录本,并采集图像; 
	
	
		下一步:细胞分割,应用深度学习方法进行细胞核分割,接着向外扩展以推断完整的细胞边界; 
	
	
		最后一步:将转录本分配给细胞并开展二次分析,包括聚类、降维和差异表达。 
	
	
		
 
 
	
	
		机器自检; 输入slide ID,Panel信息 
	
	
		
 
 
	
	
		根据指示依次放入相应试剂耗材 
	
	
		
 
 
	
	
		进行扫片选区 
	
	
		Part 3 
	
 
	
		结果可视化 
	
	
		经过3天时间,FFPE样本在Xenium分析仪上顺利完成运行,并得预期的结果。 
	
 
	
		
	
	
		 
 
	
	
		 
 
	
	
		 
 
	
	
		结果显示,背景没有明显碎片,细胞数合理; 
	
	
		解码的转录本密度正常,解码质量很高,Q20大于92%,阴性对照为0%;基因数正常。 
	
	
		感谢10x指导老师的协助,本次FFPE样本性能测试圆满完成!感受一下10X 最新技术的风采~ 
	
	
		 
 
	
	
		至此,烈冰生物Xenium 平台IPT(仪器性能测试)和APT测试都顺利完成,实现样本即送即做。
作为国内率先完成测试的公司,烈小冰万事俱备,等待您的送样~
 
	
	
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