单细胞技术再升级！10x Genomics全新GEM-X方案破界来袭！

       GEM-X单细胞解决方案，是基于Chromium X系列仪器，单细胞基因表达（3’）试剂盒全面升级为Chromium GEM-X Single Cell Gene Expression v4；单细胞免疫组（5’）试剂盒升级为Chromium GEM-X Single Cell Immune Profiling v3。此次升级显著提升了单细胞检测性能，将在肿瘤、免疫、发育、疾病等领域的生物学新发现提供更强助力！  GEM-X单细胞解决方案现已准备就绪，火热发售中……

我们来回顾一下GEM-X单细胞解决方案在性能上有哪些升级！

性能对比

1、更高的捕获效率

       GEM-X单细胞解决方案具备更高效的微流控技术，细胞捕获效率可达80%。通过进行318次独立的单细胞运行来评估细胞捕获效率。目标细胞捕获量在1,000-10,000个细胞之间。与Next GEM（3’v3.1）相比，GEM-X（3’v4）的中位细胞捕获效率提高了15%。

2、双细胞率显著降低

       GEM-X单细胞解决方案能将双细胞率降低了两倍，并提高了通量。GEM-X微流控芯片能以更小的体积生成2倍的乳化凝胶珠 （GEM），使得双细胞率细胞率也降低了2倍，每1000个细胞的双细胞率低至0.4%

3、对脆弱细胞的捕获有所改善

       GEM-X单细胞解决方案能对脆弱细胞的捕获有所改善。以中性粒细胞为例（图3），GEM-X（3’v4）提高了对包括中性粒细胞在内的具有挑战性的细胞类型的检测。将新鲜分离的白细胞分别装载到Next GEM芯片G（n=8个通道，共27553个细胞）和GEM-X 3'芯片（n=8通道，共59295个细胞）上，并在Chromium X仪器上处理，然后进行文库制备、测序和数据分析。（白细胞在制备后保持在室温下，因为将其放在冰上可能会导致粒细胞溶解。）UMAP图突出了新鲜人类白细胞样本中的主要细胞类型群，包括中性粒细胞（大紫色簇）。这表明更高效的GEM生成提高了脆弱细胞的捕获率，且不会增加细胞应激。

4、检出的基因数显著提升

       GEM-X单细胞解决方案能显著提升基因的检出数，大幅提升每个细胞基因和UMI的检出数，以获得更全面的细胞异质性图谱。官方重复检测了三种复杂的样本类型：PBMC（图4A），从肾细胞癌组织中获得的分离的细胞(图4B)，和从成年小鼠大脑中获得的细胞核（图4C）。可以看到GEM-X（3’v4）对比Next GEM（3’v3.1），在每个细胞基因和UMI的检出数中均有大幅的提升，增加了文库的复杂性。

5、提升免疫细胞全长VDJ序列的配对率

         GEM-X(5’v3)的配对率和文库复杂性显著增加。GEM-X (5’v3)显著提高了配对率和库的复杂性。将人PBMC分别装载到Next GEM Chip K（2000个细胞）和GEM-X 5'芯片（2000个细胞）上，并在Chromium X仪器上处理，然后进行文库制备、测序和数据分析。可以观察到，GEM-X（5'v3）的平均配对率为94%，而Next GEM（5'v2）为84%（图5A）；在使用GEM-X（5'v3）后，TRA和TRB中值UMI分别增加了200%和120%（图5B）,同时检出的基因数也有显著的提升

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