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【Xenium第二弹】原位空间组学平台首次运行,顺利完成FFPE样本APT测试!

时间:2023-11-02    |    阅读量:1329

好消息

Xenium分析仪正式运行啦

Xenium是以亚细胞分辨率(0.2μm)对基因和蛋白质进行靶向空间组学研究的平台,

相较 Visium 空间转录组拥有更高的检测精度,

将会对我们理解肿瘤微环境、免疫、神经科学、细胞特异性、生物发育等方面产生深远的影响,带来一次全新的改变。

小编告诉你:

此次Xenium APT(Assay Performance Test)性能测试,除了FFPE样本和基因表达Panel不同,其它步骤都与正式实验时相同!

主要试剂耗材:基因表达Panel/载玻片/Decoding试剂/buffer/探针等

Part 1

样本准备


Xenium分析仪每次运行最多可上样两张载玻片,每张载玻片的可成像区域约为12x24 mm2(内圈可贴片区域10.45*22.45mm2

首先,对FFPE样本进行脱蜡、解交联处理;随后,在PCR仪中进行探针杂交,链接、滚环扩增的实验步骤;最后,进行自发荧光淬灭和DAPI染色。


实验室人员认真准备中&10x 现场应用工程师提供详细的指导~

Part 2

机载分析

机载分析的第一步:将光学特征解码为转录本,并采集图像;

下一步:细胞分割,应用深度学习方法进行细胞核分割,接着向外扩展以推断完整的细胞边界;

最后一步:将转录本分配给细胞并开展二次分析,包括聚类、降维和差异表达。

机器自检; 输入slide ID,Panel信息

根据指示依次放入相应试剂耗材

进行扫片选区

Part 3

结果可视化

经过3天时间,FFPE样本在Xenium分析仪上顺利完成运行,并得预期的结果。


结果显示,背景没有明显碎片,细胞数合理;

解码的转录本密度正常,解码质量很高,Q20大于92%,阴性对照为0%;基因数正常。

感谢10x指导老师的协助,本次FFPE样本性能测试圆满完成!感受一下10X 最新技术的风采~

至此烈冰生物Xenium 平台IPT(仪器性能测试)和APT测试都顺利完成,实现样本即送即做
作为国内率先完成测试的公司,烈小冰万事俱备,等待您的送样~

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