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产品简介

单细胞免疫组库测序一次实验可以同时检测近万个细胞，可在一个样本中同时获5'端mRNA表达谱、TCR和BCR的信息，结合基因的表达谱和V（D）J数据进行复杂组织样本的影响免疫应答分析，监测免疫疗法的效果，研究疾病发生和发展的分子机制。


（图片来源：Wang Y, et al., Journal of Infection, 2023）

我们的优势

1. 1000+ TCR/BCR项目经验，一次实验可同时获取1000-10000个细胞的文库构建，获得转录组和免疫组数据。

2. 具备完善的免疫组库测序和实验质控流程，获取V（D）J全长序列的配对信息。

3. 丰富的免疫组库测序和数据分析经验，实现专属个性化数据分析服务，搭配单细胞分析云平台，一键导出交互性的动态结果报告。

4、免疫组库测序经验丰富，助力发表高分SCI文献：


样本要求

样本类型：

组织、血液、培养的细胞系、制备好的单细胞悬液

注：若客户样本为组织，且无能力进行组织解离来获取单细胞悬液，烈冰将尽可能提供技术及实验上的帮助，但因不同类型样本的特异性，无法保证实验方法适用于所有类型组织。


质量要求：

1. 细胞活性大于70%；

2. 浓度为500-2000细胞/μl；

3. 体积不小于200μl；

4. 细胞培养基及缓冲液不能含Ca2+和Mg2+；

5. 细胞体积小于40μm。

实验流程

数据分析流程

结果示例

1、CellRangerV（D）J
由于实验过程中通过富集V（D）J区域并打断测序，所以需要对测序获得的序列进行拼接，获得从V基因起始到J基因末尾的完整序列，以此分析每个T细胞TCR可变区的组合情况，CDR3序列以及样本内部clonotype的组成情况。

2、免疫组库序列组成分析
根据每个样本的分析结果，对免疫组库序列的组成信息进行统计描述，包括V（D）J基因的使用频率、组合频率、CDR3序列长度分布，以及细胞的clonotype数量、size大小和增殖情况等。

V（D）J基因的使用频率：上图主要展示了TCR序列中V基因的使用情况

3、免疫组库序列组成分析

注：横坐标为V基因，纵坐标为J基因

V-J基因组合频率：下图主要展示了TCR序列中V-J基因组合情况。

4、免疫组库序列组成分析

注：横坐标为CDR3长度分布，纵坐标为细胞占比

CDR3序列长度：上图主要展示了CDR3序列的长度分布，以及使用频率最高的12个TRAV基因对应的CDR3长度信息。

5、免疫组库序列组成分析

注：横坐标为clonotype编号，纵坐标为细胞占比

 克隆频率统计：该图主要展示了TOP50 clonotype对应的细胞占比。


6、免疫组库序列组成分析

注：Unique或数字： 每个clonotype对应的细胞数（size）


 克隆增殖统计：下图主要展示了不同size对应的clonotype的占比情况

7、细胞间Clonotype分析
结合对应的单细胞转录组数据，通过不同cluster/cell type间，clonotype是否存在overlap，来判断这两个cluster/cell type间是否会存在状态的演变。

注：右图中，XY轴均为cluster编号，括号内为该cluster中检测到TCR序列的细胞数

8、样本间Clonotype分析
对不同样本TCR/BCR的结果比较分析，获得overlap的clonotype信息。例如从同一生物个体采集到的不同样本，同一实验分组的不同样本等，来获取T细胞在组织间潜在的延续性和相同处理下产生的一致性应答。

注：横向纵向均为样本名称，括号内为该样本中检测到的clonotype数，色块内为overlap的clonotype数。

9、Clonotype分布分析
结合5’端单细胞转录组结果进行联合分析，可以根据克隆型信息冲减细胞亚群，进而定义亚群功能。

文献示例


[1] MHC class Ib–restricted CD8+ T cells possess strong tumoricidal activities. PNAS.2023 Aug; IF=11.1


[2] Prmt5 deficiency inhibits CD4+ T-cell Klf2/S1pr1 expression and ameliorates EAE disease. Journal of Neuroinflammation. 2023Aug; IF=9.3


[3] Systemic immune dysregulation in severe tuberculosis patients revealed by a single-cell transcriptome atlas. Journal of Infection. 2023Mar; IF=28.2


[4] Tumor-intrinsic YTHDF1 drives immune evasion and resistance to immune checkpoint inhibitors via promoting MHC-I degradation. Nature Communications. 2023 Jan; IF=16.6


[5] Single-Cell Landscape Highlights Heterogenous Microenvironment, Novel Immune Reaction Patterns, Potential Biomarkers and Unique Therapeutic Strategies of Cervical Squamous Carcinoma, Human Papillomavirus_x005f Associated (HPVA) and Non-HPVA Adenocarcinoma. Adv Sci. 2023 Jan; IF=15.1


[6] Influenza vaccination features revealed by a single-cell transcriptome atlas. Journal of Medical Virology. 2022 Sep; IF=12.1