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产品简介

原位空间组学技术(Xenium In Situ)将新鲜冷冻(FF)和石蜡包埋(FFPE)组织中的数百种RNA进行表达分析并精确到亚细胞定位(200纳米),相较 Visium 空间转录组拥有更高的检测精度,将会对我们理解肿瘤微环境、免疫、神经科学、细胞特异性、生物发育等方面产生深远的影响,并进入空间单细胞/亚细胞研究的新时代。


我们的优势

1. 国内最早引入Xenium平台的公司之一,烈冰率先完成APT测试实验,现已正式开展客户的实验,实现样本即送即做,助力客户早日产出科研成果!

2. 烈冰是10x Genomics 官方指定的Xenium原位分析技术服务商!

3. 烈冰已助力发表多篇单转结合空转的高分文献,具有先进的冷冻切片机和数字切片扫描仪,具备丰富的空间多组学的数据分析经验!

4. 结合烈冰生物CytoNavigator百万级大通量生产级数据分析系统,能够实现个性化、定制化地数据分析服务,确保客户的研究达到最佳效果!

样本要求

样本类型:

新鲜冷冻(FF)样本:新鲜组织OCT包埋后-80℃速冻,可连同包埋模具一同保存运输,在包埋模具上好做方向标记,用于确定切片方向;

石蜡包埋(FFPE)样本:包埋好的石蜡块或石蜡切片3-5张,4℃保存,干燥运输。


其它注意事项:

1. 可联系烈冰提供Xenium专用玻片由老师自行贴片,样本处理和运输过程需要在低温环境

2. 多样本拼片,需保证同一玻片选择的Panel相同

3. 组织大小要长宽小于10.45mm*22.45mm(实际捕获区域大小)

4. 切片质检:HE染色质控判断组织形态、空间信息保留是否完好,DV200 > 30%(DV200 为检测样品中大于 200nt 的 RNA 百分比)

5. 目前商业化panel仅支持人和小鼠物种(可定制增加100 genes),具有注释良好的转录组的其它物种需要提前定制设计(具体细节请在送样前与我司进行提前沟通)

实验流程

数据分析流程

Xenium运行结束无需测序即获得可解读,能可视化的结果,同时也兼容Seurat,Stlearn等第三方算法包,对于目的数据进行基于细胞和空间维度的分析与深层次解读,兼具易用性和深度。


结果示例

1、单细胞、空转和原位分析(Xenium)联合解析乳腺癌石蜡切片肿瘤微环境
发表时间:2023 年 12 月
发表期刊:Nature Communications
影响因子:16.6
发表单位:10X Genomics
研究背景:单细胞测序解决了细胞异质性问题,但是缺乏空间信息,空间转录组测序可以提供空间信息,但分辨率有限,因此这两种技术也具有很好的互补应用效果,但这两种技术在解析原位信息方面仍有所欠缺。理想的解决方案是提供高倍、高通量、可读取空间信息,而不影响组织的完整性,具有亚细胞分辨率,同时兼容新鲜冷冻(FF)和福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织的方法。
研究方法:scFFPE-seq、Visium ST测序 和原位分析(Xenium)
研究结果:使用scFFPE-seq和Visium对乳腺癌FFPE组织进行全转录组分析,Visium鉴定了17种不同的细胞类型,Xenium以单细胞分辨率空间解析这些细胞类型及其基因表达谱。由于Xenuim工作流程的非破坏性,可以在同一切片后处理上进行H&E染色和免疫荧光染色,实现在同一张切片上进行蛋白质、组织学和RNA成像。研究人员选择了Human Breast Panel 280个基因和33个定制化基因共计313个基因,经过基因解码和成像之后,展示了完整的乳腺癌结构信息。此外,研究团队使用 Xenium 确定了传统病理学方法无法鉴定的三阳性(HER2+/ER+/PR+)区域,由于该区域面积较小,在空间转录组数据中容易被忽视,为导管原位癌(DCIS)的肿瘤浸润提供了新的研究见解。

文献示例


[1] High resolution mapping of the breast cancer tumor microenvironment using integrated single cell, spatial and in situ analysis of FFPE tissue(单细胞、空转和原位分析(Xenium)联合解析乳腺癌石蜡切片肿瘤微环境)发表时间:20231219;发表期刊:Nature Communications;物种:人;组织:乳腺癌组织


[2] Decoding spatial organization maps and context-specific landscapes of breast cancer and its microenvironment via high-resolution spatial transcriptomic analysis(高分辨率空间转录组学分析(Xenium)解码乳腺癌和从属微环境的空间组织解构及其成因)发表时间:20231030;发表期刊:bioRxiv;物种:人;组织:乳腺癌组织


[3]Single cell-resolution in situ sequencing elucidates spatial dynamics of multiple sclerosis lesion and disease evolution(单细胞尺度级别的原位测序(Xenium)揭示了多发性硬化症病变和疾病演变的空间动态)发表时间:20230630;发表期刊:bioRxiv;物种:小鼠;组织:颈脊髓


[4]Mapping ovarian cancer spatial organization uncovers immune evasion drivers at the genetic, cellular, and tissue level(原位空间组学揭示了卵巢癌的免疫逃逸在基因-细胞-组织水平上的驱动机制)发表时间:20231019;发表期刊:bioRxiv;物种:人;组织:卵巢癌组织