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全转录组是指特定细胞在特定状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA（non-coding RNA）。针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用的miRNA，lncRNA和circRNA。基于二代测序技术的全转录组测序研究，同时分析同一样本中的mRNA，lncRNA，circRNA，miRNA，并且通过两两关联分析、三元关联分析、多元关联分析，使研究内容更加系统化，致力于深入挖掘生命现象背后的转录调控问题。
ceRNA（竞争性内源RNA）机制示意图
Wang Y et al., Trends Genet, 2016
1. 双文库构建：small RNA文库和去核糖体的链特异性文库，烈冰 8年建库经验，保证建库质量；
2. 4种RNA全方位分析：不仅能定量分析已知的lncRNA和miRNA，还能通过Stringtie重建转录本预测新的lncRNA；并通过预测的circRNA进行靶向分析 ，从而得到miRNA-mRNA、lncRNA-miRNA、以及circRNA-miRNA的靶向关系；
3. 数据库全面整合：整合并定时升级生物学领域内公认数据库和靶基因预测算法，如NP Inter、miRBase、RNAhybrid等，保证分析结果紧跟行业前沿；
4. 上游测序+下游验证：客户只需提供细胞，组织或者总RNA，烈冰为您完成从上机测序到数据分析整套服务流程，同时可进行后续qPCR验证。
组织样品：
1. 动物组织≥1g；
2. 植物组织≥2g；
3. 细胞样品≥1×106个；
4. 全血≥5mL；
5. 菌体≥106个或≥30mg。
RNA样品：
1. 样品需求量： RNA≥10 μg；
2. 样品浓度：RNA样品≥100 ng/μl；
3. 样品纯度：OD260/OD280在1.8-2.2之间，OD260/OD230≥2，28S/18S≥1，动物样品RIN≥7.0，植物样品RIN≥6.5，RNA无明显降解。
1. 客户样本：细胞量在106以上；
2. 总RNA提取及质控：凝胶电泳质控→Nanodrop质控→Agilent 2200质控；
3. small RNA文库构建：切胶范围10-50bp，单端测序SE50，文库分子18-30bp；
4. 去核糖体文库构建：逆转录后用RNase处理，去除rRNA；
5. 上机测序：烈冰建议选择NovaSeq，双端测序，通量大，碱基精度高，而且成本低，速度快。
差异lncRNAs火山图分析和聚类分析
Yang F et al., Gene, 2016
注：(A)差异lncRNA火山图分析结果，红色表示显著差异的lncRNA，蓝色表示非显著差异的lncRNA；(B)差异lncRNA聚类分析的Heat map，红色越深表示lncRNA上调越显著，蓝色越深表示lncRNA下调越显著。
lncRNA-miRNA靶向作用关系
Miao X et al., Sci Rep, 2016
注：红色三角表示上调lncRNAs，绿色三角表示下调lncRNAs，紫色V型三角表示上调miRNAs，蓝色V型三角表示下调miRNAs。
lncRNA-miRNA-mRNA Network
Miao X et al., Sci Rep, 2016
注：紫色三角形表示lncRNA，红色圆点表示mRNA，黄色圆点表示关键mRNA，蓝色V型三角表示miRNA。
差异基因GO分析和Pathway分析
Xu T et al., Oncogene. 2015
注：（a）lncRNA TINCR-siRNA VS scrambled siRNA差异基因聚类分析图；（b）差异基因显著富集的pathway条目；（c）差异基因显著富集的GO条目。
circRNA预测工作流和预测结果（正常组织 VS 癌组织）
Chen W et al., Nat Neurosci. 2015/Zheng Q et al., Nature Communications, 2016
注：(a)横坐标表示circRNA反向剪接reads数，纵坐标表示circRNA数量；(b)circRNA在基因组结构上的分布；(c)横坐标表示exonic circRNA长度，纵坐标表示circRNA数量。
差异circRNA分析结果
Liu Q et al., Scientific Reports, 2016
注：左图为差异circRNA的聚类分析图(OA VS normal软骨组织)；右图为差异circRNA的火山图，红点表示差异显著的circRNA。
circRNA-miRNA相互作用
Zheng Q et al., Nature Communications, 2016
注：该图展示了circHIPK3相互作用的miRNAs的假定结合位点。
circRNA-miRNA-mRNA Network
Liu Q et al., Scientific Reports, 2016
注：绿色圆点表示circRNA，黄色菱形表示mRNA，紫色V型三角表示miRNA。
circRNA和蛋白编码基因的WGCNA分析
Wang Z et al. Frontiers in plant science, 2017
注：该图为WGCNA计算出来的不同module，与不同表型相关性高的module，并对moudle16以及两个circRNA的关系网络图分别进行了可视化展示。
E50 VS E40和E60 VS E50差异mRNA/lncRNA韦恩图
Li Y et al., BioMed Research International. 2019
注：左图为E50 VS E40差异mRNA和E60 VS E50差异mRNA的韦恩分析结果；右图为E50 VS E40差异lncRNA和E60 VS E50差异lncRNA的韦恩分析结果。
干预LncRNA GAS5的基因富集分析
Liu et al., Nat Commun, 2016
注：该图为LncRNA GAS5过表达和敲低后，hESCs的基因富集分析结果。其中，ES表示富集度得分，NES表示ES标化后的值，得分越高表示该基因类别与该干预呈正相关。
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