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文献盘点|烈冰生物单细胞项目文章阶段性回顾

时间:2024-03-04    |    阅读量:1199

2024国自然单细胞依旧大热,单细胞多组学联合分析已成为发高分文献的重要技术手段。在单细胞领域,烈冰生物助力用户发表高分文献 110+ 篇 (不完全统计),小编对2023年部分重点文献进行了梳理,希望能够更好的帮到科研工作者~

肿瘤学方向


1 抗雄激素治疗诱导基质细胞重编程以促进前列腺癌的去势抵抗

发表时间:202305

发表期刊:Cancer cell IF=50.3

单细胞捕获平台:烈冰10X Genomics平台

采样组织:小鼠前列腺组织

研究亮点:研究团队通过基因工程编辑小鼠、PDX小鼠等模型,利用单细胞测序技术,以及大量的功能实验验证,揭示了雄激素剥夺治疗(ADT)诱导的SPP1+ myCAFs是驱动去势抵抗性前列腺癌(CRPC)发展的关键基质成分,并深入研究了该群CAFs的起源与作用机制。


解读链接:https://mp.weixin.qq.com/s/JVBKNLuOCRX35yVEl2KHyA

原文链接:DOI:10.1016/j.ccell.2023.05.016


2 单细胞和空间图谱揭示了口腔鳞状细胞癌起始过程中的癌前病变


发表时间:202303

发表期刊:Cell Discovery IF=33.5

单细胞捕获平台:烈冰10X Genomics Chromium 和 Visium平台

采样组织:人的口腔组织

研究亮点:研究团队利用单细胞(scRNA-seq)和空间转录组测序技术,阐明了口腔鳞状细胞癌(OSCC)启动的癌前病变的细胞景观和作用,这对于理解整个OSCC启动过程至关重要,并有助于为癌症干预的治疗策略提供信息。

原文链接:DOI:10.1038/s41421-023-00532-4


3 NNMT 富集 AQP5+ 癌症干细胞以驱动早胃贲门腺癌的恶性进展


发表时间:202303

发表期刊:GUT IF=24.5

单细胞捕获平台:烈冰BD Rhapsody平台

采样组织:早期胃贲门腺癌组织

研究亮点:早期胃贲门腺癌(EGCA)是一种高度异质性的癌症,对其分类和恶性进展的了解有限。该研究利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)探索了EGCA中的细胞和分子异质性,发现烟酰胺甲基转移酶NNMT调控AQP5+细胞干性驱动胃贲门早癌的恶性机制。

原文链接:DOI:10.1136/gutjnl-2022-328408



4 单细胞助力揭示肿瘤细胞驱动的免疫逃逸机制

发表时间:202301

发表期刊: Nature Communications IF=16.6

单细胞捕获平台:烈冰10X Genomics平台

采样组织:黑色素瘤组织

研究亮点:YTHDF1是一种多功能、强大的m6A reader,近年来在抗肿瘤免疫调节中的作用逐渐成为研究热点,但YTHDF1对免疫逃逸的影响还知之甚少。该研究通过单细胞测序(scRNA-seq)和单细胞TCR测序揭示了肿瘤固有的YTHDF1驱动免疫逃逸和免疫检查点抑制剂(ICI)抵抗,YTHDF1缺失促使免疫系统恢复监测。



解读链接:https://mp.weixin.qq.com/s/kgrIrpWkCmV5V02ZKigq3A

原文链接:DOI:10.1038/s41467-022-35710-7


5 施旺细胞调节导管腺癌微环境中的肿瘤细胞和肿瘤相关成纤维细胞


发表时间:202307

发表期刊:Nature Communications IF=16.6

单细胞捕获平台:烈冰BD Rhapsody和10X Genomics Visium平台

采样组织:胰导管腺癌组织

研究亮点:单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST)联合分析揭示了与施旺细胞相邻的肿瘤细胞和CAF的异质性。证明了施旺细胞确实可以诱导iCAF形成,并通过体内与体外实验证明这类iCAF的形成对于胰导管腺癌的进展具有促进作用。

解读链接:https://mp.weixin.qq.com/s/99RdAfqjmig7W55UPROmmA

原文链接:DOI:10.1038/s41467-023-40314-w



免疫学方向


1 单细胞助力揭示肺结核患者的单细胞转录组图谱


发表时间:202303

发表期刊:Journal of Infection IF=28.2

单细胞捕获平台:烈冰10X Genomics平台

采样组织:人的PBMC

研究亮点:该文章基于单细胞测序及单细胞免疫组库(TCR/BCR)测序等工作,团队获得了健康对照与不同疾病严重程度下的213358个PBMCs细胞,并与两个已发表的潜伏性结核感染数据进行了联合分析,揭示了结核病发病的综合免疫图谱,为设计有效的结核病治疗策略提供了新的思路。


解读链接:https://mp.weixin.qq.com/s/3igJ9rBCmFfazqVxPbCpCw

原文链接:DOI:10.1016/j.jinf.2023.03.020


2 单细胞测序助力揭示宫颈癌免疫抑制微环境的协同重建及其治疗意义



发表时间:202307

发表期刊:Cancer Communications IF=16.2

单细胞捕获平台:烈冰10X Genomics平台

采样组织:宫颈癌组织

研究亮点:研究团队对17例临床标本进行了单细胞RNA测序,对宫颈恶性上皮细胞进行了全面的研究,研究表明靶向IDO1和ICB药物的联合治疗可以提高目前宫颈癌免疫治疗的疗效,为设计宫颈癌的药物和开展未来的临床试验提供了关键见解。



原文链接:DOI:10.1002/cac2.12486


3 靶向IRG1逆转肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制功能发现

发表时间:202304

发表期刊:Science Advances IF=13.6

单细胞捕获平台:烈冰BD Rhapsody平台

采样组织:黑色素肿瘤组织

研究亮点:研究基于单细胞测序技术(scRNA-seq),采用小鼠造模,对于编码代谢酶ACOD1的IRG1基因在肿瘤相关巨噬细胞(TAM)重编程和肿瘤微环境重塑(TME)过程中的机制和作用进行了研究,研究团队首次报道ACOD1是TAM重编程的重要调节因子,提出ACOD1为免疫肿瘤药物的潜在靶点,IRG1缺失的巨噬细胞为一种有效的癌症细胞治疗策略,为巨噬细胞靶向干预和提高抗肿瘤治疗效果提供了全新思路。


解读链接:https://mp.weixin.qq.com/s/o4CMJ5Wlelb3i4YKmJo_hA

原文链接:DOI:10.1126/sciadv.adg0654


4 揭示中性粒细胞与肝细胞癌(HCC)的免疫治疗耐药相关


发表时间:202308

发表期刊:Journal of Hepatology IF=25.7

单细胞捕获平台:烈冰BD Rhapsody平台

采样组织:肝细胞癌组织

研究亮点:该研究采用单细胞测序技术(scRNA-seq),通过比较分析和实验验证,发现在肝细胞癌(HCC)患者中存在一个与抗PD-1治疗的耐药性相关的CD10+ALPL+中性粒群体,研究结果揭示了CD10+ALPL+ 中性粒细胞使抗PD-1治疗产生耐药的机制,也为新的免疫治疗靶点和可能的协同治疗方案提供了进一步的见解。




解读链接:https://mp.weixin.qq.com/s/bRJnFxZgJ7saRGQqQNn-UA

原文链接:DOI:10.1016/j.jhep.2023.08.024


5 多组学分析胰腺癌样本揭示新辅助化疗重塑代谢促进免疫治疗

发表时间:202310

发表期刊:Cell Reports Medicine IF=14.3

单细胞捕获平台:烈冰10X Genomics Chromium 和 Visium平台

采样组织:胰导管腺癌组织

研究亮点:采用多组学分析方法,包括单细胞转录组、空间转录组、蛋白质组和代谢组学等,比较了化疗前后胰导管腺癌样本的分子特征变化,发现免疫和代谢重编程可能影响化疗疗效,并证实靶向CD36可协同优化化疗治疗效果,为胰导管腺癌的精准治疗提供了新的思路。


原文链接:DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101234




神经科学领域


1空转和单细胞核转录组分析解析抑郁行为发生新机制


发表时间:202307

发表期刊:Nature Neuroscience IF=25

单细胞捕获平台:烈冰10X Genomics平台

采样组织:猕猴脑组织

研究亮点:研究团队基于低等级抑郁猴模型,采用单细胞核测序技术(snRNA-Seq)以及空间组学技术(Spatial Transcriptome),发现与抑郁样行为相关的基因表达变化主要发生在小胶质细胞中,并且报道了一个在抑郁样条件下富集的促炎症小胶质细胞亚群,该研究成果为抑郁症的精细干预提供潜在新靶点,为该领域的研究提供了参考。


解读链接:https://mp.weixin.qq.com/s/BdUfrluolINoQ2ayD5BFZQ

原文链接:DOI:10.1038/s41593-023-01379-4


2 胶质母细胞瘤血管可塑性限制效应T细胞浸润并受cAMP激活阻断

发表时间:202310

发表期刊:Cancer Immunology Research IF=12.02

采样组织:神经胶质瘤冻存复苏细胞

单细胞捕获平台:烈冰10X Genomics平台

研究亮点:胶质母细胞瘤(GBM)是一种高度血管生成和免疫抑制的恶性肿瘤,采用单细胞测序等方法,研究团队发现胶质瘤来源的内皮细胞(GdECs)的基因组特征与胶质瘤患者的免疫抑制状态和不良预后相关,揭示了GBM的内皮转分化形成内皮免疫细胞屏障,支持GdEC阻断和免疫治疗GBM的临床发展。


原文链接DOI: 10.1158/2326-6066


3 单细胞助力揭示小胶质细胞亚群在脑缺血性卒中中起不同作用

发表时间:202305

发表期刊:Journal of Neuroinflammation IF=9.3

单细胞捕获平台:烈冰BD Rhapsody平台

采样组织:小鼠的脑缺血性卒中脑组织

研究亮点:脑缺血性卒中后小胶质细胞亚簇的调节机制在很大程度上仍不清楚,研究团队对小鼠的脑缺血性卒中脑组织进行单细胞RNA测序(scRNA-seq),确定了三个“缺血性卒中相关小胶质细胞”(ISAM): MKI67+,CH25H+和OASL+亚群,并揭示了它们以前未被识别的作用,为小胶质细胞对脑卒中治疗提供了新的见解。


原文链接:DOI: 10.1186/s12974-023-02799-6




非肿瘤类疾病



1 髓核组织的单细胞分析揭示椎间盘退变的生物标志物



发表时间:202312

发表期刊: Nature Communications IF=16.6

单细胞捕获平台:烈冰10X Genomics平台

采样组织:接受椎间盘切除术的患者的髓核组织(NP)样本

研究亮点:研究采用单细胞测序技术(scRNA-seq),通过比较分析和实验验证等技术手段,揭示了人椎间盘髓核细胞(NPCs)的异质性,并发现一群高表达SRGN的退变晚期髓核细胞在椎间盘退变中的关键作用,它可能成为IVDD临床前诊断的生物标志物和治疗手段;此外作者还发现了瑞香素(DAP)可以减轻IVD的局部炎症反应。



解读链接:https://mp.weixin.qq.com/s/WWXg360o2q17ASoxAZL0zw

原文链接:DOI:10.1038/s41467-023-44313-9


2 单细胞助力揭示了严重急性肾损伤后肾近端小管的再生/修复新靶点


发表时间:202302

发表期刊:Theranostics IF=12.4

单细胞捕获平台:烈冰BD Rhapsody平台

采样组织:小鼠的肾脏组织

研究亮点:急性肾损伤(AKI)后,哺乳动物肾近端小管可以部分再生。肾母细胞瘤(WT1)基因在成人肾脏的肾小球顶上皮细胞(PECs)亚型中表达。研究团队采用小鼠模型,遗传细胞谱系追踪和单细胞RNA测序等方法,证明WT1基因在PECs和PTECs中的表达对严重肾损伤后的肾近端小管再生至关重要。


原文链接:DOI:10.7150/thno.79326


3 中性粒细胞在强直性脊柱炎的病理过程中调节间充质干细胞的成骨分化


发表时间:202311

发表期刊:ANNALS OF THE RHEUMATIC DISEASES IF=27.4

单细胞捕获平台:烈冰BD Rhapsody平台

采样组织:患者的脊髓韧带附着位点

研究亮点:采用单细胞测序技术(scRNA-seq),通过比较分析和实验验证,作者发现在AS患者的中性粒细胞群体中,有一群CD99_G1中性粒亚群,具有分泌成骨特征蛋白(如IGFBP7)的能力,促使MSC细胞向成骨细胞演化。该研究揭示了强直性脊柱炎(AS)患者中脊髓附着点的细胞特征及免疫细胞与成骨之间的相关性,并有助于人们更好地了解AS的发病机制。


原文链接:DOI:10.1136/ard-2023-224107