转录组分析平台常见,但操作丝滑流畅的分析平台,还得看烈冰的CytoNavigatorTM2023年9月发布至今,半年时间已有100多个课题组使用烈冰生物的CytoNavigatorTM单细胞数据分析系统挖掘单细胞生物学意义。烈冰团队再接再厉,开发了CytoNavigatorTM转录组分析系统,全流程打通了转录组数据分析,并实现了毫秒级响应的GO/Pathway、网络分析,以及高可交互的WGCNA、GSEA、趋势分析等高级数据分析!
图1:CytoNavigator 转录组数据分析系统的差异基因页面
转录组分析流程成熟,分析平台众多。但目前的分析系统普遍存在结果碎片化、分析不够流畅,可交互性差,需反复上传基因表格等问题。基于上述情况,拥有多年转录组及生信云平台经验的烈冰生物重拳出击!
正式推出CytoNavigatorTM 转录组数据分析系统!一次解决RNA-seq分析的痛点,让您享受数据分析的过程,轻松获得高质量文章级图片。
01 烈冰的传统强项-转录组测序服务
烈冰生物自2010年起即深耕转录组领域,公司自主研发了多个转录组相关算法,如发表在期刊核酸研究以及Briefings In Bioinformatics上的差异可变剪接算法ASD和CASH等;并助力研究团队发表Nature、Cancer Cell在内的300+ 高质量转录组相关学术期刊文章,如助力中科院顶级研究团队在Nature发表全球首例自闭症猴模型等。
图2:引自 Liu Z, et al. Nature., 2016
2023年9月,烈冰上线了CytoNavigatorTM单细胞数据分析系统,并在全国开展了多次线下培训班,获得了大量老师的认可和使用。
本次我们推出的转录组数据分析系统侧重分析的全面性、灵活性和流畅性,用户可在平台上流畅进行各类数据分析,快速挖掘数据背后的生物学意义。
02 烈冰转录组数据分析系统优势
可交互页面全面覆盖各类分析
图3:WGCNA分析页面,选择基因module后实时展示该基因module所影响的Pathway
系统全面覆盖差异基因、功能分析、聚类分析、网络图、GSEA、趋势分析、WGCNA等多种高级数据分析模块。每个分析模块均可随意调整参数,并进行深度分析。
功能分析和网络分析图毫秒级展示
图4:对差异基因进行交并集分析,并对结果进行各类功能分析
毫秒级计算比较组之间的交集和并集,调整差异基因的卡值(Pvalue、FDR)后实时计算网络图、各种功能分析和聚类分析图,顺滑绘图。
用户界面友好,分析功能全面
图5:清晰的分析流程,全面覆盖各类高级分析,并支持一键提交分析
支持多种主流的数据分析工具和算法包,用户可一键提交整个分析流程,也可根据需要修改各类参数进行定制化分析,兼顾一键分析和反复调参。
清晰全面的帮助文档,降低学习成本
图6:每个分析工具均提供全面的帮助手册
帮助手册助力用户进行高效的结果解读。
分析高度可定制化
图7:可实时查看每个趋势所包含的基因,并对其进行功能分析
单页面同时展示基因表达、趋势、火山图、GO/Pathway、KEGG map、PPI网络等一系列分析。同时每个结果都支持用户自行调整结果,实时出图。
03 平台注册流程
浏览器输入sc.novelbrain.com 进入登录页面。
新用户需要先注册(注册邀请码联系驻地销售或者发送邮件至tech@novelbrain.com),老用户直接登录。
点击新建项目(不熟悉的可以点击新手引导查看流程),根据需求选择single cell或Transcriptome分析;如选择Transcriptome,点击云流程选择fastq起始或者表达量矩阵起始。
填写项目名称、选择分析物种,点击创建项目,进入主分析页面。