服务热线02152235399

产品简介

单细胞核测序技术是在单细胞水平上发展起来的技术,该技术可将冻存样本直接制核捕获,且依旧保存单细胞测序的高分辨率,能够准确区分细胞异质性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态。因其对样本包容性高,核测序的出现解决了某些珍贵冻存样本,异形细胞样本无法进行单细胞实验的问题,在心肺疾病,神经发育等领域助力临床治疗和诊断,加速精准医疗时代。

我们的优势

1、突破性改进制核手段:跳过样本消化步骤,直接冻存组织进行制核。这种方法可以大大节省时间和资源,并且提高制核效率,细胞核捕获率高达65%-80%
2. 消除细胞解离偏差:消除由于消化偏好性造成的细胞解离偏差,保证制核质量远高于上机捕获要求,可以为后续的分析提供更准确的结果
3. 严格质量把控:烈冰全程进行严格的质量把控,从实验设计到分析产出提供一站式服务流程,确保客户获得高质量的数据和分析结果,并提供全面的支持和解决方案。

4. 核测序经验丰富,助力发表高分SCI文献

(图片来源:Jing Wu et al., Nature Neuroscience,2023)




样本要求

样本类型:

1.冻存组织、培养的细胞系等,一般取黄豆粒大小;

2.-80℃冰箱保存,送样时干冰运输

实验流程

客户样本--细胞核制备--核质控检测--单细胞核捕获--细胞/转录本标签添加--文库构建--上机测序

数据分析流程

结果示例

1、细胞亚群分析
基于每个细胞核中的基因表达量数据,采用聚类算法对细胞进行亚群分析,同时采用 t-SNE /Umap分析对细胞的分群结果进行可视化展示。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

注:图为猕猴脑组织细胞亚群鉴定t-SNE图展示

2、Marker基因鉴定
鉴定不同细胞亚群中的Marker基因,并对Marker基因的表达分布进行可视化展示。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

注:Marker基因的Violin图(左)和bubble plot图(右)

3、差异基因筛选
针对所有或者特定细胞亚群,进行细胞亚群间差异表达基因筛选,获得细胞亚群间差异表达基因。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

注:该图为不同细胞亚群间差异基因聚类分析图(Heatmap)

4、功能分析(GO Analysis)和信号通路分析(Pathway Analysis)
对Marker基因/差异基因进行功能分析和信号通路分析,从而得到这些基因群体所显著性富集的GO条目和Pathway条目。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

5、Pesudotime分析
以细胞的表达量数据为研究对象,采用TSCAN/monocle/SLICER/Ouija等算法,在虚拟时间轴上对细胞的变化模式进行分析,模拟重建细胞的动态变化过程,获得细胞间的状态转换关系,以及不同状态细胞间差异基因的表达情况。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

Zhang C, et al. J Immunother Cancer, 2021;9:e002312.

注:细胞间状态转换的pesudotime轨迹图(左)和Heatmap图(右)

文献示例

烈冰助力文献:

[1] Single-nucleus transcriptomic mapping of blast-induced traumatic brain injury in mice hippocampusScientific Data2023IF=9.8


[2] Integrating spatial and single-nucleus transcriptomic data elucidates microglial-specific responses in female cynomolgus macaques with depressive-like behaviorsNature Neuroscience2023, IF=25


[3] Targeting gut microbiotaderived kynurenine to predict and protect the remodeling of the pressure_overloaded young heartScience Advances2023IF=13.6


[4] Silencing of NOTCH3 Signaling in Meniscus Smooth Muscle Cells Inhibits Fibrosis and Exacerbates Degeneration in a HEYL-Dependent Manner, Advanced Science, 2023,IF=15.1


[5] The molecular taxonomy of primate amygdala via single-nucleus RNA-sequencing analysisScience Bulletin202012, IF=18.9