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产品简介

单细胞核测序技术是在单细胞水平上发展起来的技术,该技术可将冻存样本直接制核捕获,且依旧保存单细胞测序的高分辨率,能够准确区分细胞异质性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态。因其对样本包容性高,核测序的出现解决了某些珍贵冻存样本,异形细胞样本无法进行单细胞实验的问题,在心肺疾病,神经发育等领域助力临床治疗和诊断,加速精准医疗时代。

我们的优势

1. 突破性改进制核手段,跳过样本消化步骤,冻存组织直接制核

2. 消除因消化偏好性造成的细胞解离偏差,且保证制核质量远高于上机捕获要求

3. 烈冰全程严格地质量把控,提供从实验设计到分析产出的一站式服务流程

样本要求

样本类型:

1.冻存组织、培养的细胞系等,一般取黄豆粒大小;

2.-80℃冰箱保存,送样时干冰运输

实验流程

数据分析流程

结果示例

1、细胞亚群分析
基于每个细胞核中的基因表达量数据,采用聚类算法对细胞进行亚群分析,同时采用 t-SNE /Umap分析对细胞的分群结果进行可视化展示。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

注:图为猕猴脑组织细胞亚群鉴定t-SNE图展示

2、Marker基因鉴定
鉴定不同细胞亚群中的Marker基因,并对Marker基因的表达分布进行可视化展示。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

注:Marker基因的Violin图(左)和bubble plot图(右)

3、差异基因筛选
针对所有或者特定细胞亚群,进行细胞亚群间差异表达基因筛选,获得细胞亚群间差异表达基因。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

注:该图为不同细胞亚群间差异基因聚类分析图(Heatmap)

4、功能分析(GO Analysis)和信号通路分析(Pathway Analysis)
对Marker基因/差异基因进行功能分析和信号通路分析,从而得到这些基因群体所显著性富集的GO条目和Pathway条目。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

5、Pesudotime分析
以细胞的表达量数据为研究对象,采用TSCAN/monocle/SLICER/Ouija等算法,在虚拟时间轴上对细胞的变化模式进行分析,模拟重建细胞的动态变化过程,获得细胞间的状态转换关系,以及不同状态细胞间差异基因的表达情况。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

Zhang C, et al. J Immunother Cancer, 2021;9:e002312.

注:细胞间状态转换的pesudotime轨迹图(左)和Heatmap图(右)

文献示例

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[2] Weichenhan, D., Lipka, D. B., et al. Epigenomic technologies for precision oncology. 2020. Seminars in Cancer Biology. https://doi.org/10.1016/j.semcancer.


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[9] Zhou, Y., Song, W. M., ,et al. Human and mouse single-nucleus transcriptomics reveal TREM2-dependent and TREM2-independent cellular responses in Alzheimer’s disease . 2020. Nature Medicine, 26(6), 981.