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产品简介

单细胞免疫组库测序一次实验可以同时检测近万个细胞,可在一个样本中同时获5'mRNA表达谱、TCRBCR的信息,结合基因的表达谱和VDJ数据进行复杂组织样本的影响免疫应答分析,监测免疫疗法的效果,研究疾病发生和发展的分子机制。

Lei Zhang et al. Nature,2018.

我们的优势

1. 1000+ TCR/BCR项目经验,一次实验可同时获取1000-10000个细胞的文库构建,获得转录组和免疫组数据。

2. 具备完善的免疫组库测序和实验质控流程,获取VDJ全长序列的配对信息

3. 丰富的免疫组库测序和数据分析经验,实现专属个性化数据分析服务,搭配单细胞分析云平台,一键导出交互性的动态结果报告。

样本要求

样本类型:

       组织、血液、培养的细胞系、制备好的单细胞悬液

注:若客户样本为组织,且无能力进行组织解离来获取单细胞悬液,烈冰将尽可能提供技术及实验上的帮助,但因不同类型样本的特异性,无法保证实验方法适用于所有类型组织。


质量要求:

1. 细胞活性大于70%;

2. 浓度为500-2000细胞/μl;

3. 体积不小于200μl;

4. 细胞培养基及缓冲液不能含Ca2+Mg2+;

5. 细胞体积小于40μm。

实验流程

数据分析流程

结果示例

1、CellRangerV(D)J
由于实验过程中通过富集V(D)J区域并打断测序,所以需要对测序获得的序列进行拼接,获得从V基因起始到J基因末尾的完整序列,以此分析每个T细胞TCR可变区的组合情况,CDR3序列以及样本内部clonotype的组成情况。

2、免疫组库序列组成分析
根据每个样本的分析结果,对免疫组库序列的组成信息进行统计描述,包括V(D)J基因的使用频率、组合频率、CDR3序列长度分布,以及细胞的clonotype数量、size大小和增殖情况等。

VDJ基因的使用频率:上图主要展示了TCR序列中V基因的使用情况

3、免疫组库序列组成分析

注:横坐标为V基因,纵坐标为J基因

V-J基因组合频率:下图主要展示了TCR序列中V-J基因组合情况。

4、免疫组库序列组成分析

注:横坐标为CDR3长度分布,纵坐标为细胞占比

CDR3序列长度:上图主要展示了CDR3序列的长度分布,以及使用频率最高的12TRAV基因对应的CDR3长度信息。

5、免疫组库序列组成分析

注:横坐标为clonotype编号,纵坐标为细胞占比

 克隆频率统计:该图主要展示了TOP50 clonotype对应的细胞占比。


6、免疫组库序列组成分析

注:Unique或数字: 每个clonotype对应的细胞数(size)


 克隆增殖统计:下图主要展示了不同size对应的clonotype的占比情况

7、细胞间Clonotype分析
结合对应的单细胞转录组数据,通过不同cluster/cell type间,clonotype是否存在overlap,来判断这两个cluster/cell type间是否会存在状态的演变。

注:右图中,XY轴均为cluster编号,括号内为该cluster中检测到TCR序列的细胞数

8、样本间Clonotype分析
对不同样本TCR/BCR的结果比较分析,获得overlap的clonotype信息。例如从同一生物个体采集到的不同样本,同一实验分组的不同样本等,来获取T细胞在组织间潜在的延续性和相同处理下产生的一致性应答。

注:横向纵向均为样本名称,括号内为该样本中检测到的clonotype数,色块内为overlap的clonotype数。

9、Clonotype分布分析
结合5’端单细胞转录组结果进行联合分析,可以根据克隆型信息冲减细胞亚群,进而定义亚群功能。

文献示例


[1] Rat, J. A., et al.(2020). Single-cell transcriptomics identifies multiple pathways underlying antitumor function of TCR- And CD8αβ-engineered human CD4+ T cells. Science Advances, 6(27), 1–16. https://doi.org/10.1126/sciadv.aaz7809



[2] Ohigashi, I., et al.(2021). The thymoproteasome hardwires the TCR repertoire of CD8+ T cells in the cortex independent of negative selection. Journal of Experimental Medicine, 218(4). https://doi.org/10.1084/JEM.20201904


[3] He, S., Wang, et al.(2020). Single-cell transcriptome profiling an adult human cell atlas of 15 major organs. BioRxiv, 1–34. https://doi.org/10.1101/2020.03.18.996975


[4] Pauken, K. E., et al.(2021). Single-cell analyses identify circulating anti-tumor CD8 T cells and markers for their enrichment. Journal of Experimental Medicine, 218(4). https://doi.org/10.1084/JEM.20200920


[5] Reitermaier, R., et al.(2021). αβγδ T cells play a vital role in fetal human skin development and immunity. Journal of Experimental Medicine, 218(4). https://doi.org/10.1084/JEM.20201189


[6] Renand, A.,et al.(2020). Integrative molecular profiling of autoreactive CD4 T cells in autoimmune hepatitis. Journal of Hepatology, 73(6), 1379–1390. https://doi.org/10.1016/j.jhep.2020.05.053