单细胞测序技术(single cell sequencing)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术,它能够弥补传统高通量测序的局限性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。
2013年,《Science》将其列为年度最值得关注的六大领域榜首;2015年再次登上Science转化医学封面。2018年跻身Science 年度突破技术; 2019年,单细胞多组学被列为Nature Methods年度技术,2021年,又被评选为10大创新生物科技之一...目前,单细胞测序技术在肿瘤、发育生物学、微生物学、神经科学、以及植物学等领域发挥重要作用,正成为生命科学研究的焦点,具有广阔的应用前景。
单细胞转录组测序流程--点我了解更多
1. 单细胞测序技术:公司拥有行业认可的10X Genomics、BD Rhapsody以及烈冰自研的单细胞平台,实现高质高效的单细胞测序。
2.多样化的样本处理经验:公司具有丰富的单细胞悬液制备经验,50+组织类型,100+细胞类型、10000+样本处理经验,确保细胞的活性能够达到测序要求,从而获得可靠的单细胞数据。
(图片来源于网络)
3.高效的文库构建技术:公司拥有成熟的单细胞测序文库构建技术和自动化建库平台,一次性完成1000-10000个细胞的文库构建。
4.完善的质控流程和数据分析经验:烈冰自研的CytoNavigator 百万级通量数据分析系统确保数据的可靠性和质量,同时能够提供个性化、定制化的数据分析服务,帮助研究人员从海量的单细胞数据中获取有意义的信息。
样本类型:
组织、血液、培养的细胞系、制备好的单细胞悬液
注:若客户样本为组织,且无能力进行组织解离来获取单细胞悬液,烈冰将尽可能提供技术及实验上的帮助,但因不同类型样本的特异性,无法保证实验方法适用于所有类型组织。
质量要求:
1. 细胞活性大于70%
2. 浓度为500-2000细胞/μl
3. 体积不小于200μl
4. 细胞培养基及缓冲液不能含Ca2+和Mg2+
5. 细胞体积小于40μm
1. 单细胞悬液制备:根据样本特性选择合适的单细胞悬液制备方法,注意红细胞裂解;如若客户样本为已经制备好单细胞悬液,该步骤可以省略;
2. 细胞活性检测:细胞活性需大于70%;
3. 单细胞捕获:通过分选平台(BD、10X、Drop-seq)对每个细胞进行捕获;
4. 细胞/转录本标签添加:对结合磁珠标签的RNA进行逆转录引入CB和UMI;
5. 文库构建:对cDNA进行随机引物PCR扩增;
6. 上机测序:烈冰推荐Illumina Hiseq或NovaSeq测序平台,数据量100G/样本。
注:横坐标为细胞数量,纵坐标为每个细胞对应的平均counts数,根据曲线的斜率判断实际检测的细胞数量
注:左图为细胞中总共检测到的基因数量,右图为去除重复UMI后统计的基因数量
注:左图为每个细胞中的线粒体占比——nUMI数量相关性分析图,
右图为单细胞测序中每一个细胞的基因——nUMI数量相关性分析图
Chen, et al. Nature Cell Biology, 2021 Jan;23(1):87-98.
注:左图为前列腺肿瘤组织细胞亚群鉴定t-SNE图展示;右图为不同样本中各细胞亚群的占比情况
Zhang, et al. Glia, 2021 Mar;69(3):765-778.
注: Marker基因的Feature Plot图和Violin图
Zhang, et al. Glia, 2021 Mar;69(3):765-778.
Zhang C, et al. J Immunother Cancer, 2021;9:e002312.
Chen, et al. Nature Cell Biology, 2021 Jan;23(1):87-98.
Chen, et al. Nature Communication 2020; 11:5077
Chen, et al. Nature Cell Biology, 2021 Jan;23(1):87-98.
Chen, et al. Nature Cell Biology, 2021 Jan;23(1):87-98.
Sun, et al. Annals of the Rheumatic Diseases, 2019, 79(3):215926.
注:细胞间状态转换的pesudotime轨迹图(左)和Heatmap图(右)
Chen, et al. Nature Communication, 2020;11:5077.
注:横坐标表示细胞类型,纵坐标表示细胞间通讯关系,圆圈大小表示显著性差异水平,圆圈颜色越红表示细胞间通讯关系越强
Zhang C, et al. J Immunother Cancer, 2021;9:e002312.
注:横坐标表示生存期,纵坐标表示占比,不同颜色曲线代表不同分组
烈冰助力文献:
[1] Antiandrogen treatment induces stromal cell reprogramming to promote castration resistance in prostate cancer,Cancer cell,2023 IF=50.3
[2] A multimorphic mutation in IRF4 causes human autosomal dominant combined immunodeficiency,Science Immunology,2023 IF=24.8
[3] Tumor-intrinsic YTHDF1 drives immune evasion and resistance to immune checkpoint inhibitors via promoting MHC-I degradation,Nature Communications,2023,IF=16.6
[4] ECSIT Is a Critical Factor for Controlling Intestinal Homeostasis and Tumorigenesis through Regulating the Translation of YAP Protein,Advanced Science,2023,IF=15.1
[5] Systemic immune dysregulation in severe tuberculosis patients revealed by a single-cell transcriptome atlas,Journal of Infection,2023,IF=28.2
[6] Single-cell and spatial dissection of precancerous lesions underlying the initiation process of oral squamous cell carcinoma,Cell Discovery,2023,IF=33.5
[7] Immunosuppressive CD10+ALPL+ neutrophils promote resistance to anti-PD-1therapy in HCC by mediating irreversible exhaustion of T cells, Journal of Hepatology,2023,IF=25.7
[8] CD_99 G1 neutrophils modulate osteogenic differentiation of mesenchymal stem cells in the pathological process of ankylosing spondylitis,Annals of the Rheumatic Diseases,2023 IF=27.4
[9] Targeting VEGF-A/VEGFR2 Y949 Signaling Mediated Vascular Permeability Alleviates Hypoxic Pulmonary Hypertension,Circulation,2022 IF=37.8
[10] A rice single cell transcriptomic atlas defines the developmental trajectories of rice floret and inflorescence meristems,New Phytologist,2022 IF=10.15