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空间转录组学（Spatial Transcriptomics）是指在组织切片上完成，保留样本空间信息的组学研究。空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况，揭示精细病理区域中激活的信号通路，完成分子特征驱动病理特征的机制解析。空间转录组学完成了病理数字化结合病理影像化的技术革新，对于诊断标志物、耐药位点以及靶向药物的研发，免疫治疗等新兴领域都具有重要作用。
1、 拥有先进的冷冻切片机LEICA CM1950。搭配切片经验丰富的实验团队，对多种组织类型的切片厚度与切片温度进行测试优化，为获得示组织内真实表达水平的高质量冷冻切片提供硬件和技术保障。
2、 拥有行业先进的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的数字切片扫描仪，可以同时实现明场与荧光场下冷冻切片的快速扫描成像；Z-Stack多层聚焦扫描及Extended Focus 景深扩展多层融合扫描模式，进一步提升分辨率和清晰度，保证切片高分辨的数字图像信息精准采集；
3、 具备丰富的空间转录组测序和数据分析经验，具有完善的空间转录组联合单细胞转录组数据分析方案，能够实现个性化、定制化地数据分析服务。
4、 烈冰提供空间转录组全流程服务，包括样本包埋、切片、选片、HE染色、组织透化、建库测序、以及后续的FISH验证等各个步骤，为您提供无忧服务。
1. 冷冻切片的制备：注意提前将冷冻组织与玻片放入-20℃冷冻切片机箱体中平衡30分钟以上，再进行切片；
2. HE染色、拍照成像：组织切片贴合在玻片上，通过甲醛固定、H&E染色并在明场下拍照得到组织切片的形态结构；
3. 组织优化：采用组织酶解的方式进行透化，使细胞中的mRNA释放并结合到芯片相邻的捕获探针上，反转录合成cDNA后，移除组织，进行荧光场扫描成像，根据荧光强度判断最优的透化时间。
4. 透化和cDNA合成：采用组织酶解的方式，选取最佳的透化时间进行透化，芯片的捕获探针捕获到mRNA后，反转录合成cDNA；
5. 文库构建：对cDNA进行随机引物PCR扩增；
6. 上机测序：采用Illumina Hiseq或NovaSeq测序平台进行测序。
【1】Molecular cartography uncovers evolutionary and microenvironmental dynamics in sporadic colorectal tumors，Cell，2023, IF=66.85
【2】Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve， Nature Communications，2023，IF=16.6
【4】Preneoplastic liver colonization by 11p15.5 altered mosaic cells in young children with hepatoblastoma，Nature Communications，2023，IF=16.6
【5】Comprehensive characterization of tumor microenvironment in colorectal cancer via molecular analysis，eLife，2023，IF=7.7
【6】Schwann cells regulate tumor cells and cancer-associated fibroblasts in the pancreatic ductal adenocarcinoma microenvironment，Nature Communications，2023，IF=16.6
【7】Targeting neoadjuvant chemotherapy-induced metabolic reprogramming in pancreatic cancer promotes anti-tumor immunity and chemo-response，Cell Reports Medicine，2023，IF=14.3
【8】Single-cell and spatial dissection of precancerous lesions underlying the initiation process of oral squamous cell carcinoma，Cell Discovery，2023，IF=33.5