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【新品实战】 烈冰自研Panocell微孔芯片数据测评结果大公开!! 时间:2021-10-19

金秋9月,烈冰重磅推出了14999元/样本单细胞测序服务新方案!包括PanoCell微孔芯片+BD磁珠+BD全套试剂+BD全套Protocol的一站式精准服务。可以获得完整的样本基因表达信息,帮助用户更好的对细胞进行注释。



作为烈冰自主研发的首款单细胞测序的产品,Panocell微孔芯片不仅仅是降低了实验成本,在实战结果上更是拥有与BD原装微孔板相媲美的表现!空口无凭,接下来小编为大家奉上新鲜出炉的实战数据测评。当然,在这之前请跟随小编简单回顾下PanoCell实验测评内容吧~


1 PanoCell 与 BD原装实验测评


实验性能Experimental performance)

PanoCell芯片的细胞捕获表现十分出彩,多次实验的验证下,PanoCell与BD原装芯片的捕获细胞情况是高度一致的。

下图为:PanoCell vs BD原装实验效果对比




适配性能Adaptation performance

BD Rhapsody™单细胞平台高度适配,实现与BD全套试剂和protocol的无缝对接,搭配烈冰一站式精准服务,为您的科研提供最大助力!
下图为PanoCell:细胞+磁珠落孔、回收实拍结果



2 PanoCell 与 BD原装实战数据测评


实验过程眼见为实,数据结果更不是纸上谈兵。接下来,小编为您呈现新鲜滚烫的实验数据测评结果!!

注:以下数据结果均来源于同一样本(肺组织)解离后的细胞悬液,相同实验条件(时间,仪器,试剂,初始上机细胞数等,即除捕获芯片外其他条件均一致)和实验人员操作下获得实测数据。

Part 1 捕获细胞数量实测

众所周知,单细胞测序需在分析过程中根据Cell Barcode确认有效的细胞数量。我们对同一细胞悬液,随机分选相同细胞数量后进行上机捕获,以默认按UMI500条件筛选细胞(低于UMI500的很可能是悬液中游离RNA或细胞碎片)结果显示,两种微孔板得到的曲线情况非常接近。


实际数据来看:

①捕获细胞数量:两个样本分别捕获2944个细胞(PanoCell)和3145个细胞(BD);

Mean Reads per Cell:均在45K reads以上,符合单细胞数据分析标准,其中PanoCell :48.5k reads per cell,BD:45.18k reads per cell;

③数据利用率(Fraction Reads in Cells):达到了理想值80%以上;

④数据利用率与测序饱和度Sequencing Saturation)方面,PanoCell微孔板稍优于BD微孔板。相同条件下细胞捕获数量和测序深度近乎一致,PanoCell微孔板在数据质控环节表现出色。

Part 2 捕获基因情况实

为测评实际捕获细胞基因表达情况,我们分析了Gene 和UMI Counts等数据指标,结果显示PanoCell和BD微孔板不仅在细胞捕获数量上没有明显差异,在捕获总Gene数量(24635 vs 24961),平均中位数基因(2835.5 vs 2689),中位数UMI Counts(6341.5 vs 6049)上也近乎一致。具体数值见下表:

Part3 数据mapping结果实

数据mapping到基因组环节,PanoCell和BD样本mapping到基因组上的reads数分别为25179.86和23358.47,PanoCell样本的mapping结果稍优于BD原装微孔芯片。其中mapping 到基因间区、内含子区和外显子区的具体情况见下表:

Part 4 标准化(Normalization)结果实测

在初始数据质控后和表达量统计后,分析过程还会对死细胞、双细胞、低质量细胞和批次效应多种可能存在的偏差因素进行数据标准化校正,力求获得准确无偏差的预处理后的单细胞基因表达数据。例如:线粒体占比(percent mito,MT值)常作为判断捕获细胞质量的参考标准之一(细胞(濒临)死亡时,细胞膜通透性改变,胞质RNA外流,胞内核酸总量减少,但线粒体内的核酸受膜保护不会外流,使占比会随之升高,因此MT值越高,越可能是质量差或已死亡的细胞)。

在本次实验数据标准化阶段,从基因数(nFeature),UMI数(nCount)和MT值等统计情况看,两种实验芯片的标准化数据结果非常接近,PanoCell芯片在实验细胞捕获和前端数据统计方面具备媲美原装芯片的强大实力。


Summary 测评 总结


以上便是此次小编为大家带来的数据分析前端实战测评结果。总的来说,PanoCell微孔芯片在捕获细胞数,基因数,UMI Counts数,mapping率和数据标化等关键指标上,与BD原装芯片样本实验结果基本一致,具备优良的实验服务水准,能精确捕获单个细胞,反映出细胞的转录状态,且具备强有力的价格优势!烈冰出品,必属精品,一站式精准服务,要做就做最懂你的单细胞平台




冰生物成立于2010年,专注于单细胞测序领域科研服务和设备耗材研发。自2016年起连续被评为高新技术企业,已获得4项专利和36项软件著作权,实验平台方面,烈冰搭建10X/BD单细胞测序双平台、流式分选平台、Novaseq6000 测序平台和NovelBrain®生信数据分析平台。



冰支持每位科研和医务工作者,致力于研发创新技术产品、结合现有一流高通量测序技术平台,为用户提供一流服务和解决方案,目前已发表Nature Cell Biology,Immunity等国际前沿期刊单细胞测序文章14篇,助力多种肿瘤、脑神经、白血病,Covid-19等等多组织疾病类型的高分文献发表




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