值得一提的是,这篇文章的数据分析是在烈冰生信团队精心打造出的NovelBrain云计算平台上完成的。这也是烈冰NovelBrain云计算平台从幕后走到台前,第一次出现在权威知名期刊,正式地为卓越的研究工作提供坚实的技术支撑,迈出了具有里程碑意义的第一步。
文章的整体思路:
NovelBrain生物信息云平台实现了高通量测序数据分析的流程化、自动化。文章数据分析基于平台中circRNA分析流程。RNA-seq的序列共鉴定出27296条circRNA,通过与数据库中已有的circRNA比对,研究者注释了8225条新circRNA。并通过qPCR、RNA-FISH、northern blot、sanger测序等实验手段验证了circRNA确实是存在的。然后通过Luciferase分析和miRNApull down实验以及对circHIPK3的过表达和knock down之后circHIPK3、其host基因HIPK3以及miR-124的表达量变化,验证了circHIPK3通过结合miR-124发挥miRNA sponge的功能。
文章链接:
http://www.novelbio.com/news_more.asp?id=411