2020年夏天，烈冰正式上线了空间转录（Visium）组测序服务，一年的时间里，我们后台陆续收到了一些关于空间转录组技术的留言，比如之前保存的FFPE组织，能不能拿来做空间转录组测序？听说国内空间转录组现在可以做FFPE样本了，是真的吗？

各位看官别急，今天咱就来唠唠，看着风很大的Visium FFPE 空间转录组到底是什么，和之前的Visium冰冻组织样本（以下称visium）区别在哪？

FFPE即石蜡包埋，是目前绝大多数科研人员和临床医生首选的长期保存样本的方法，该方法可将珍贵样本保存几年甚至10年以上，且大多样本通常有对应的临床匹配追踪数据，若能结合高通量测序数据，对疾病研究和治疗来说都有非常大的意义。

但因FFPE样本通常保存时间长，组织内部可能存在RNA/DNA降解的情况，片段化的RNA用oligoT探针捕获会丢失很多信息。而Visium FFPE空间转录已针对该问题提出了解决方案——不在局限于冰冻组织切片，石蜡样本也可以获取基因表达和空间定位的全部转录组信息，区分和定位功能基因在特定组织区域内的活跃表达情况。

空间转录组技术将组织学影像与RNA测序的高通量和发现能力相结合，对样本进行全转录组（WTA）分析。

Visium冰冻切片技术是将组织切片固定、透化，释放细胞中的RNA直接与带有RNA捕获探针的载玻片结合，获取基因表达信息，因其对polyA尾的探针捕获设计，Visium实验样本针对真核生物，对物种没有明确限制。

在Visium FFPE组织中，样本切片需先和预设的探针（probe）杂交，进一步完成连接反应，再透化释放连接probe与载玻片上的探针结合，从而捕获基因表达信息。Visium FFPE目前针对人（1.8万个gene）和小鼠（2万个gene)的基因数据库设计了探针，用RNA模板连接（RTL），特异地针对编码蛋白转录组中基因的探针对与其基因靶点杂交，然后彼此连接。对组织进行透化处理，以释放连接的探针对，使其与玻片上的捕获探针杂交，从而实现基因表达信息的捕获。

具体来说，针对FFPE样本RNA降解的特殊性，Visium FFPE针对每一个基因（人和小鼠），都预先设计了一对probe以靶定RNA的特定序列，LHS（左端探针）带有read2序列，用以后续PCR扩增，RHS（右端探针）带有polyA序列，用以后续被玻片探针捕获结合，通过probe与组织内RNA杂交，将RNA信息转移到probe上，再将探针两端连接形成完整的DNA链。之后降解杂合RNA链，透化释放连接probe，完成信息捕获过程。

而在玻片探针设计方面，Visium FFPE也延续了Visium的强大实力，每个捕获区域大小为6.5mm X 6.5mm，含有4992个被条形码标记的点（barcoded spots），每个spot直径55μm，spot与spot中心点之间的距离为100μm，每个spot含有上亿个可以与mRNA结合的捕获探针，每个探针上都带有独特的spatial barcodes，用以标记捕获的mRNA的空间位置。

简单来说，Visium FFPE技术是对FFPE组织进行切片，并将其放置在文库制备玻片上，然后进行固定，通过H&E或免疫荧光（IF）染色并成像，接着添加空间条形码并构建文库。对制备好的文库进行测序，获得后续数据分析的原始数据。

看到这是不是对Visium FFPE有初步了解了呢？下期小编将进一步为大家介绍Visium FFPE的实验细节和质控标准，敬请期待~