服务热线02152235399
当前位置:博客 > 空间转录组

FFPE空间转录组系列课堂 开课啦!

时间:2023-04-14    |    阅读量:1201


沿袭冰冻组织空间转录组实验,Visium FFPE测序也需要对组织进行切片,因此客户提供样本时,可以是前期保存的石蜡组织块,或取新鲜组织用石蜡包埋。后续切片、质控、RNA信息捕获及文库构建和生信数据分析等工作,全部由烈冰完成,具体实验流程如下:




FFPE样本切片厚度一般为5μm(区别于冰冻组织样本的10μm),切片样本大小不宜超过6.5mm × 6.5mm(载玻片的大小),超出的部分无法被捕获到,反而可能会影响其他样本空间信息。

组织样本太大怎么办?可以根据不同病变区域分为多个样本。例如,肿瘤组织可以分为中心/边缘/正常组织进行切片观察。




另外,对每个FFPE样本,都需要做FFPE贴片粘附性实验。通过切片脱蜡染色再复水,显微成像观察脱片情况,保证正式实验样本切片能牢固的粘附在玻片上,防止后续实验过程中加各种试剂或洗涤浸水导致切片脱落