最近在分析一个重测序的SV过程中出现了一些问题，在使用lumpyExpression分析时，获得disordants Reads的时候出现异常，几乎获得的全部的mappingReads，原因探查过程如下：

提取disordants Reads的时候使用的方法是samtools，根据每一条reads的FLAG进行判断，具体代码如下：

samtools view -b -F 1294 sample.bam > sample.discordants.bam

-F代表过滤掉对应FLAG的reads，1294代表reads的FLAG情况，具体包含的reads如下，在这一步骤的核心是要过滤掉“read mapped in proper pair"的reads，即左右两端mapping在一致区域的reads

这个html为一个小程序，如上面的截图，输入Flag的编号可以得到对应哪些类型的Reads

在BWA mem的软件参数中包含一个 -P参数，具体介绍如下：

-P    In the paired-end mode, perform SW to rescue missing hits only but do not try to find hits that fit a proper pair.

说明如果输入-P参数，在mapping的过程中或跳过fit a proper pair的步骤，也就意味着结果不会给出read mapped in proper pair这样的一个FLAG，而我们平台现在的BWA mem代码包含这样一个参数,如下：

具体参数测试结果如下：

包含 -P 参数：

同样的的reads的FLAG变成了83和163，代表含义如下，包含read mapped in proper pair的注释

由此可见-P参数会影响每一条reads的FLAG，由于这种read mapped in proper pair在SV的分析过程中的判断是十分重要的，所以建议删除掉平台BWA mem模块的-P参数

经过测试，BWA -p参数除了影响FLAG外还会影响readsMapping的位置，在CallSNP过程中会造成很大的偏差，测试结果如下：

下图为同一条序列在不同mapping方法中的位置差异，上面为添加-p参数的结果，下面为不添加-p的结果，可以发现，不添加-p组中，每一条reads的左右两端均可以匹配在临近区段，且均在第二号染色体，而在添加-p组中，reads几乎全被mapping到9号染色体上，且左右两端reads的距离差距非常大，IGV截图（截图中为chr9对应区域,上面为添加-p参数，下面给为不添加-p参数）中也可以发现添加-p参数计算出的SNP位点存在明显的假阳性现象，再次证明-p参数需要被移除