NovelBio生物信息研发团队与中科院合作，展开了基于高通量转录组测序（RNA-seq）技术结合生物信息分析，首次揭示了选择性剪接蛋白SRSF10在细胞内调节的靶底物以及其调控mRNA选择性剪接的机制。NovelBio差异可变剪接ASD的软件文章发表于2014年的《Nucleic Acids Reseach》杂志上。现在差异可变剪切软件ASD升级到1.2版本，新版本修复bug并优化转录本重建过程，可以支持NCBI上Gff3文件下载。

（Alternative Splicing Detector:ASD 网址：http://erp.novelbio.com/ASD/）

图1 ASD的软件文章发表于2014年的《Nucleic Acids Reseach》

图2  ASD软件V1.2版

随着二代测序技术的飞速发展，测序已成为研究基因组和转录组的重要手段之一。高通量转录组测序技（RNA-seq）可用于检测基因表达差异、融合基因、未知或稀有转录本、以及mRNA选择性剪接等研究领域。

SRSF10是经典的SR蛋白家族成员之一，已有研究表明，SRSF10在体外是一个序列特异性的剪接激活蛋白，但是其在体内的剪接调控靶点及作用机制，目前仍不清楚。上海烈冰生物信息研发团队等利用RNA-seq技术，并结合自主研发的选择性剪接java软件（软件名称：Alternative Splicing Detector:ASD 网址：http://erp.novelbio.com/ASD/），在鸡细胞系DT40中，寻找受SRSF10调节的体内剪接底物。

研究发现，SRSF10同时具有增强外显子接入和抑制外显子接入的双重功能：Motif分析发现，外显子的接入与否与SRSF10的结合位点在调控外显子上的分布有关。进一步研究表明：SRSF10所调控的剪接事件多为应激或凋亡相关的基因。SRSF10敲除DT40细胞对内质网应激诱导的凋亡更为敏感，提示其可能通过调节应激相关基因的选择性剪接，控制着内质网应急下的细胞存活能力。

该研究加深了人们对于SRSF10在体内调节的剪接网络和机制的理解，为深入研究SRSF10在细胞存活能力中的作用和机制提供了新线索。差异可变剪接软件-ASD利用Spring MVC+ Spring Framwork + ibatis的整合开发框架，重新优化构建剪接算法，利用超几何数学模型提高8类可变剪接类型的验证率（文章中的验证率达到70%以上）。ASD软件的发表意味着NovelBio从专业的生物信息转向定制化的软件算法开发，利用NovelBio专业的生物信息经验建立高通量领域的品牌力量。

图3  ASD软件图示

图4  ASD软件图示

图5  ASD软件图示