2024年度烈冰助力单细胞文献盘点回顾

烈冰生物专注于提供尖端的单细胞和空间转录组多组学技术服务，已助力用户发表单细胞文献150+篇（不完全统计）。其中，2024年助力发表单细胞文献40余篇，涵盖肿瘤、免疫、神经、骨科、眼科、非模式动物等多个研究领域。接下来小编将对2024年部分文献进行梳理与总结，期望能为科研工作者提供更好的帮助。

肿瘤

1、多组学分析确定了与透明细胞性肾细胞癌疾病进展相关的代谢重编程

发表时间：202402

发表期刊：Nature Genetics  IF=30.8

样本来源：人透明细胞性肾细胞癌肿瘤组织

单细胞捕获平台：烈冰 10X Genomics平台

研究亮点：本研究中，研究团队首次使用多组学数据联合分析，揭示了透明细胞性肾细胞癌（ccRCC）中存在四种代谢亚型，并确定了一个具有独特代谢特征的亚型-去透明细胞分化（DCCD）-ccRCC，其特征包括营养摄取增加、活性氧（ROS）和脂滴（LDs）水平降低、低代谢活性和较高的增殖率。此外，通过单细胞和空间轨迹分析技术，研究团队还深入研究了ccRCC与疾病进展相关的代谢重编程，并发现ccRCC中的DCCD与不良预后相关，为ccRCC患者的精准治疗和预后评估提供了新的见解。

解读链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/cpToZsTQ7GCEjCF65pM3Rg

原文链接：

https://doi.org/10.1038/s41588-024-01662-5

2、表观遗传失调调控癌症相关成纤维细胞异质性，进而为胰腺癌提供代谢支持

发表时间：202405

发表期刊：Cancer Cell  IF=50.3

样本来源：小鼠胰腺癌肿瘤组织

单细胞捕获平台：烈冰 10X Genomics平台

研究亮点：研究团队通过基因工程编辑小鼠模型，利用单细胞测序技术以及大量的代谢相关实验验证，在小鼠胰腺癌肿瘤组织中鉴定出一种富含脂质的CAF亚群，这些脂质丰富的CAFs通过ABCA8a转运蛋白将脂质运输到肿瘤细胞，支持线粒体氧化磷酸化（OXPHOS），从而促进肿瘤生长。该研究不仅增进了对胰腺癌中CAF异质性的理解，也为针对SETD2缺失的PDAC患者的个性化治疗提供了潜在的新策略，即通过靶向OXPHOS途径来干预肿瘤代谢。

解读链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/NNsnJFUkhPW_EJC3MsYeJA

原文链接：

https://doi.org/10.1016/j.ccell.2024.03.005

3、单细胞转录组学揭示了高级别浆液性癌的侵袭性景观和肿瘤微环境中的治疗靶点

发表时间：202405

发表期刊：Cancer Letters  IF=9.7

样本来源：人卵巢癌肿瘤组织

单细胞捕获平台：烈冰 10X Genomics平台

研究亮点：本研究通过单细胞转录组测序技术，鉴定了一群独特的S100A9+肿瘤细胞亚型，存在于HGSC原发性和转移部位，与较差的总生存率密切相关，并且高表达一系列特征基因。研究者通过体外和体内模型验证，发现这些特征基因的单独敲除显著抑制了卵巢癌的生长和侵袭。此外，研究还揭示了肿瘤微环境中的代谢特征。这些发现提供了HGSC肿瘤细胞和肿瘤微环境之间相互作用的新见解，为开发针对HGSC的新疗法提供了理论基础。

解读链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/GYy71Vt2gqhOxrFPyvKfWw

原文链接：

https://doi.org/10.1016/j.canlet.2024.216928

4、管腔祖细胞分泌促血管生成素以促进炎性乳腺癌的血管生成和转移

发表时间：202406

发表期刊：Cancer research  IF=12.5

样本来源：人炎性乳腺癌肿瘤组织和受影响皮肤组织

单细胞捕获平台：烈冰 10X Genomics平台

研究亮点：该研究利用单细胞测序技术，第一次在单细胞水平上描述炎性乳腺癌（IBC）肿瘤和受影响皮肤的微环境。分析结果确定了一种独特的非恶性上皮细胞亚群，即PTN+ LP细胞，它不仅通过IBC中的PTN-NRP1轴促进血管生成，而且在IBC受影响的皮肤中构建促转移肿瘤微环境中起着关键作用。研究发现为IBC的发病机制和进展提供了全面、深入的见解，可能导致IBC的新治疗靶点。

解读链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/yE72DRmz5mP5D-1RxJI_XQ

原文链接：

DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-23-2640

5、单细胞RNA-seq揭示了转移性肾细胞癌的异质性和抗血管生成治疗在胰腺转移性病变中的作用

发表时间：202408

发表期刊：Cancer Letters  IF=9.1

样本来源：人肾癌胰腺转移组织

单细胞捕获平台：烈冰 BD Rhapsody平台

研究亮点：本研究通过对肾细胞癌胰腺转移（RCCpm）样本进行单细胞RNA-seq来分析RCCpmTME，并将基于机器学习的生成模型与癌症基因组图谱（TCGA）数据库和实验细胞系敏感性数据结合使用，预测RCCpm样本的药物反应。 结果发现原发性和转移性RCC样本的TME细胞类型比例及分布存在差异。RCCpm的TME有代谢重编程和生物合成变化，且与原发性胰腺癌相比有很大异质性。研究者还发现PAX8 - myc信号在上皮细胞上调与缺氧和炎症TME有关。此外，研究者通过机器学习模型验证舒尼替尼是RCCpm的有效疗法，为临床治疗提供了证据。

解读链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/qG1y7GCYqCdfYH8asUv_6Q

原文链接：

DOI: 10.1016/j.canlet.2024.217193

免疫

1、肠道CXCR6+ILC3通过PD-1表达增强的IL-23受体信号通路迁移到肾脏，加重肾纤维化

发表时间：202405

发表期刊：Immunity  IF=32.4

样本来源：小鼠肾脏和肠道固有淋巴细胞

单细胞捕获平台：烈冰 BD Rhapsody平台

研究亮点：固有淋巴细胞（ILCs）是近年来新定义的一群具有适应性免疫特征的固有免疫亚群，3型固有淋巴细胞（ILC3s）属于ILCs三大亚群之一，在多种组织的宿主防御、炎症、肿瘤、组织重塑和修复以及代谢稳态中发挥重要作用。该研究对不同疾病阶段的UUO小鼠中分离的肾脏和肠道ILCs进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），并进行UMAP降维可视化。通过拟时序分析发现肠道细胞主要停留在进化轨迹的初始阶段，然后分叉为两个不同的分支，一个向肾ILC3s发展，另一个维持了肠道基因表达，这提示了肾内ILC3s来源于肠道ILC3s。该研究首次报道了ILC3s在肾脏纤维化中关键作用，以及肾脏ILC3s的肠道来源及具体迁移机制，为肾脏损伤修复的免疫调控机制和治疗策略提供新的理论基础和实验依据，并为肾脏纤维化的肠道干预策略提供新的思路。

解读链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/TJQtpfgX6yhBpBG2GKcHDw

原文链接：

DOI: 10.1016/j.immuni.2024.05.004

2、单细胞转录组测序助力揭示溶瘤病毒治疗新机制

发表时间：202405

发表期刊：Journal of Hematology & Oncology  IF=28.5

样本来源：小鼠肺转移肿瘤组织

单细胞捕获平台：烈冰 10X Genomics平台

研究亮点：该研究利用CRISPR全基因组筛选，发现PARP1为重要的抗病毒因子，并确定PARP1抑制剂Olaparib能够作为HSV-1在体内的“增效剂”。溶瘤病毒（OV）可以通过直接感染肿瘤细胞来直接杀伤。研究者因此提出了OV+OLA的组合疗法，并在小鼠胶质母细胞瘤模型和三阴性乳腺癌模型得到了验证，接着通过对乳腺癌肺转移灶进行单细胞测序分析，作者发现经由两药联用治疗后的乳腺癌肺转移灶的肿瘤微环境转向抗肿瘤免疫，免疫检查点分子如PD-1、CTLA-4和TIGIT等表达上调，作者因此又提出了OV+OLA+PD-1抗体的三药联用策略并验证有效，该研究成果为诸如胶质母细胞瘤、三阴性乳腺癌和黑色素瘤等恶性肿瘤的临床治疗提供了参考。

原文链接：

https://jhoonline.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13045-024-01554-5

3、放化疗诱导的ACKR2+肿瘤细胞驱动CD8+ T细胞衰老和宫颈癌复发

发表时间：202405

发表期刊：Cell Reports Medicine  IF=11.7

样本来源：人宫颈癌组织

单细胞捕获平台：烈冰 10X Genomics平台

研究亮点：该研究通过单细胞RNA测序技术分析人类宫颈癌在化疗和放疗前后的组织，发现化疗和放疗促进了ACKR2+肿瘤细胞的产生，这些细胞通过分泌转化生长因子β（TGF-β）促进了CD8+ T细胞的衰老，进而削弱了机体的抗肿瘤免疫反应。此外，研究还发现在化疗和放疗后复发的宫颈癌患者中，ACKR2的表达水平以及CD8+ T细胞的衰老现象均有所增强，这一发现与不良的临床预后密切相关。该研究识别了ACKR2+化疗耐药肿瘤细胞，揭示了其驱动CD8+ T细胞衰老和肿瘤复发的分子机制，并且确定ACKR2和CD8+ T细胞衰老可作为预测治疗后肿瘤复发的早期标志物，为宫颈癌的个体化治疗和预后评估提供了新的视角。

原文链接：DOI: 10.1016/j.xcrm.2024.101550

4、单细胞测序描述了转移性结膜黑色素瘤的临床决策

发表时间：202406

发表期刊：Cell Discovery  IF=33.5

样本来源：人结膜组织

单细胞捕获平台：烈冰 BD Rhapsody平台

研究亮点：结膜黑色素瘤(CoM)是一种潜在的破坏性肿瘤，可导致远处转移。目前针对CoM远处转移的治疗策略临床结果均不理想。研究者对从正常结膜样本(n = 3)和结膜黑色素瘤(n = 7)中获得的47，017个细胞进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)，发现肿瘤微环境(TME)中肿瘤相关成纤维细胞(CAFs)的浸润水平较高，与远端转移癌中血管生成能力增强和VEGFR表达增加相关。研究者还发现总CD8+ T细胞的比例显著下降，而初始CD8+ T细胞的比例增加，这有助于远端转移性CoM中相对静止的免疫环境。一项临床试验(ChiCTR2100045061)用于评估VEGFR阻断联合抗PD1治疗对患有远端转移性CoM的患者的疗效，显示出有效的肿瘤抑制效果。本研究揭示了CoM肿瘤发生和发展过程中TME的景观和异质性，为远端转移性CoM治疗提供了理论依据。

原文链接：DOI: 10.1038/s41421-024-00683-y

5、鼻息肉中颗粒酶K+ CD8+ T细胞与成纤维细胞的互作促进了中性粒细胞介导的炎症